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배양법과 DGGE에 의한 해양세균 군집의 비교분석
김말남, 방효주, Kim. Mal-Nam, Bang. Hyo-Joo 한국환경생물학회 환경생물 7 Pages
한국환경생물학회 환경생물 2006, Vol.24 No.4 307-313 (7 pages)
동정한 배양법과 16S rRNA PCR-DGGE로 분석한 결과를 상호비교하였다. 배양법에 의한 각 계절별 해양세균 군집의 종조성은 2004년 9월은 5종, 11월은 5종, 2005년 1월은 4종, 5월은 6종 및 8월은 10종으로 조사되었고, Pseudomonas fluorescens와 Acinetobacter lwoffii는 계절과 관계없이 모두 검출되었으며, 그 외에 Pseudomonas stutzeri, Sphingomonas paucimobilis 및 Burkholderia mallei 등이 동정되었다. 16S rRNA PCR-DGGE에 의한 군집분석 결과는 2004년 9월은 10개체군, 11월은 11개체군, 2005년 1월은 6개체군, 5월은 9개체군... -
DGGE를 이용한 동굴 생태계 세균 군집 구조 분석
조홍범, 정순오, 최용근 한국환경생물학회 환경생물 7 Pages
한국환경생물학회 환경생물 2004, Vol.22 No.1 213-219 (7 pages)
GC341F와 PRUN518r을 primer로 사용하여 지하수내에 미생물 군집의 다양성과 유사성을 분석하였다. DGGE band 양상을 통해 동굴내의 세균 군집 구조는 외부 환경에 비해 상대적으로 종다양성이 낮으며 동굴내 에서 특이적으로 서식하는 종이 있음을 확인하였다. 또한 유기 영양물질의 공급이 제한되어 있는 동굴에서 구아노가 주요 유기 영양물질의 공급원으로서 큰 영향을 미치고 있는 것으로 파악되었다. DGGE 상의 일부 band의 염기서열분석 결과 Pseudomonas sp. NZ060과 Pseudomonas pseudoalcaligenes, uncultured Variovorax sp.,... -
DGGE 방법과 배양법을 이용한 강원지역 전통 발효 청국장에서 미생물의 다양성 분석
홍성욱, 임인규, 김용우, 신승미, 정건섭, Hong. Sung Wook, Lim. In Kyu, Kim. Yong Woo, Shin. Seung-Mee, Chung. Kun Sub 한국식품과학회 한국식품과학회지 6 Pages
한국식품과학회 한국식품과학회지 2013, Vol.45 No.4 515-520 (6 pages)
전통적인 방법으로 제조한 청국장과 볏짚시료로부터 배양방법과 비배양방법인 DGGE를 이용한 청국장의 발효미생물 군집을 분석하였다. 배양방법에서는 미륵산농원의 볏짚과 청국장 시료에서 P. agglomerans (65%)와 B. subtilis (60%)가 우점미생물로 나타내었고, 흥업토속 청국장의 볏짚과 청국장 시료에서는 B. amyloliquefaciens (57%와 52%)가 우점미생물로 확인하였다. DGGE 분석에서는 미륵산농원의 볏짚과 청국장 시료에서 P. agglomerans (Band intensity 20.6%)와 B. subtilis (Band intensity 25.7%)가 우점미생물로 나타내었고... -
Biolog Ecoplate와 DGGE 방법을 이용한 알칼리화 토양의 미생물군집 변화 평가
이은영, 홍선화, Lee. Eun Young, Hong. Sun Hwa 한국생물공학회 KSBB Journal 7 Pages
한국생물공학회 KSBB Journal 2013, Vol.28 No.5 275-281 (7 pages)
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Bacterial Community Structure Shift Driven by Salinity: Analysis of DGGE Band Patterns from Freshwater to Seawater of Hyeongsan River, Korea
백보람, 황철원, 도형기, Beck. Bo Ram, Holzapfel. Wilhelm, Hwang. Cher Won, Do. Hyung Ki 한국생명과학회 생명과학회지 9 Pages
한국생명과학회 생명과학회지 2013, Vol.23 No.3 406-414 (9 pages)
경북 형산강의 하류에서부터 연안해역으로 유입되는 곳까지 약 2.91 km 간격으로 0.02%, 1.48%, 2.63%, 3.62%의 염분을 포함하는 물 시료를 얻어 denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)를 수행하였다. 계통분석, 계통수 및 각 시료간의 연관성을 조사한 결과, 미생물 군집의 변화가 염분의 증가에 따라 점진적으로 변화하는 것을 확인하였으며, 이는 염분의 농도가 미생물 군집에 큰 영향을 미치는 요소임을 제시한다. 덧붙여 연안 지역이나 다른 수계환경에 비해 하류지역은 염분의 점진적인 변화로 인해 좁은 면적에 비하여... -
DGGE에 의한 남태평양 해면 Dactylospongia metachromia의 공생세균 다양성
정인혜, 박진숙, Jeong. In-Hye, Park. Jin-Sook 한국미생물학회 미생물학회지 6 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2013, Vol.49 No.4 377-382 (6 pages)
두 개체 CH607과 CH840를 이용하여 DGGE 분석을 수행한 결과, 동종의 두 개체 해면에서 동일한 밴드 패턴을 나타내었다. DGGE 밴드로부터 DNA를 추출하여 염기서열을 분석한 결과, 알려진 염기서열들과 93-100%의 유사도를 나타내었으며 밴드로부터 밝혀진 모든 서열들은 배양되지 않은 세균 클론들과 높은 상동성을 나타내었다. D. metachromia (CH607, CH840)의 공생세균 군집구조는 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Chloroflexi, Cyanobacteria, Spirochaetes로 총 6문... -
RFLP와 DGGE에 따른 해면 Spirastrella abata 공생세균의 다양성 비교
정은지, 임춘수, 박진숙, Jeong. Eun-Ji, Im. Choon-Soo, Park. Jin-Sook 한국미생물학회 미생물학회지 9 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2010, Vol.46 No.4 366-374 (9 pages)
분석 결과 5개의 DGGE band가 확인 되었고, 각각의 band의 염기서열 분석 결과 알려진 염기서열들과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 band로부터 밝혀진 모든 서열들은 배양되지 않은 세균 클론들과 높은 상동성을 나타내었다. DGGE에 의한 공생세균 군집은 Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Spirochetes, Chloroflexi로 4개의 문(phylum)으로 나타났다. Spirastrella abata의 공생세균 군집에 대한 RFLP와 DGGE 적용 결과, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria의 공... -
DGGE를 이용한 대청호 수화 발생시기의 세균군집 분석
고소라, 박성주, 안치용, 최애란, 이정숙, 김희식, 윤병대, 오희목, Ko. So-Ra, Park. Seong-Joo, Ahn. Chi-Yong, Choi. Aeran, Lee. Jung-Sook, Kim. Hee-Sik, Yoon. Byung-Dae, 한국미생물학회 미생물학회지 6 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2004, Vol.40 No.3 205-210 (6 pages)
Chroococcus, Oscillatoria, Phormidium 속이 크게 우점하였다. 16S rDNA의 DGGE pronto 분석에 의하여 Microcystis flos-aquae와 Oscillatoria spp.가 우점하는 것으로 확인되었으며, Aphanizomenon flos-aquae는 8월 중순에 우점하는 것으로 확인되었다. DGGE profile을 토대로 cluster analysis를 적용하여 다양한 미생물 군집의 유사성을 비교한 결과, 9월 2일의 미생물 군집이 다른 시기의 시료와 확연히 다른 그룹으로 구분되었다. 결과적으로 분자 생물학적 방법은 형태적 분석방법과 유사한 결과를 보였으며, 일부 세균의 분포 및... -
DGGE 방법과 Pyrosequencing 방법을 이용한 지렁이 장내미생물의 다양성 분석
김은성, 홍성욱, 정건섭, Kim. Eun-Sung, Hong. Sung-Wook, Chung. Kun-Sub 한국미생물생명공학회 한국미생물·생명공학회지 8 Pages
한국미생물생명공학회 한국미생물·생명공학회지 2011, Vol.39 No.4 374-381 (8 pages)
미생물과의 상호작용을 통하여 토양의 특성을 변화시킬 수 있는 지렁이 Eisenia fetida의 장내미생물 군집을 조사하기 위하여, 배양방법과 비배양방법인 DGGE와 pyrosequencing을 이용하여 8주와 16주 사육 지렁이의 장내미생물 군집을 분석하였다. 배양방법에서는 L. fusiformis(51%), B. cereus(30%), E. aerogenes(21%), 그리고 L. sphaericus (15%) 등이 우점미생물로 확인되었다. DGGE 분석에서는 B. cereus(15.1%), Enterobacter sp.(13.6%), uncultured bacterium (13.1%), 그리고 B. stearothermophilus(7.8%)가 우점미생물로... -
DGGE를 이용한 PCE 및 TCE의 혐기적 탈염소화 군집의 미생물 군집분석
김병혁, 조대현, 성열붕, 안치용, 윤병대, 고성철, 오희목, 김희식, Kim. Byung-Hyuk, Cho. Dae-Hyun, Sung. Youl-Boong, Ahn. Chi-Youg, Yoon. Byung-Dae, Koh. Sung-Cheol, Oh. 한국미생물생명공학회 한국미생물·생명공학회지 7 Pages
한국미생물생명공학회 한국미생물·생명공학회지 2010, Vol.38 No.4 448-454 (7 pages)
전자 공여체로 아세테이트를 사용하여 혐기성 회분식 실험을 실시 하였으며, 미생물 군집을 분석하기 위해, 분자생물학적인 기법인 16S rDNA의 DGGE 기법을 이용하였다. 그 결과, 4주간 집적배양을 통해 광양, 하남, 여천시료는 PCE와 TCE를 PCE 75% 이상, TCE 81% 이상 탈염소화하는 것으로 나타내며, 여천시료가 우수한 PCE/TCE탈염소화율을 보이고 있다(PCE 87.37%, TCE 84.46%). 또한, 전자 수용체에 따른 탈염소화 배양액의 미생물 다양성은 DGGE로 분석하였으며, 우점하는 미생물은 Clostridium sp., Desulfotomaculum sp.와... -
Seasonal and Spatial Diversity of Picocyanobacteria Community in the Great Mazurian Lakes Derived from DGGE Analyses of 16S rDNA and cpcBA-IGS Markers
Jasser. Iwona, Krolicka. Adriana, Jakubiec. Katarzyna, Chrost. Ryszard J. 한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 11 Pages
한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 2013, Vol.23 No.6 739-749 (11 pages)
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Application of rDNA-PCR Amplification and DGGE Fingerprinting for Detection of Microbial Diversity in a Malaysian Crude Oil
Liew. Pauline Woan Ying, Jong. Bor Chyan 한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 6 Pages
한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 2008, Vol.18 No.5 815-820 (6 pages)
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생물 여과를 이용한 TCE/PCE제거 및 DGGE법을 이용한 관련미생물 군집변화에 관한 연구
김응인, 박옥현, 정인경, Kim. Eung-In, Park. Ok-Hyun, Jung. In-Gyung 대한환경공학회 대한환경공학회지 9 Pages
대한환경공학회 대한환경공학회지 2008, Vol.30 No.11 1161-1169 (9 pages)
염소화 휘발성 유기물 증기의 분해에도 관여하고, TCE/PCE 증기의 생물학적 저감과정에서 공동대사가 반드시 필요하지는 않는 것임을 시사한다. DGGE밴드의 16S rDNA의 염기서열을 결정한 결과 (i) uncultured alpha proteobacterium, uncultured Desulfitobacterium sp., uncultured Rhodobacteraceae bacterium, Cupriavidus necator, Pseudomonas putida 등이 toluene 분해 미생물들이었고 (ii) alpha proteobacterium HTCC396이 TCE 제거미생물이고, (iii) Desulfitobacterium sp.이 PCE 분해에 관여하는 것으로 추정된다. (iv) 특히... -
PCR-DGGE 방법을 이용한 북한강 수계 호수의 플랑크톤 군집 분석
김윤정, 김민경, 이상돈 한국습지학회 한국습지학회지 10 Pages
한국습지학회 한국습지학회지 2012, Vol.14 No.3 10 419-428 (10 pages)
있다. 본 연구에서는 미생물 군집의 다양성을 분석하는데 효과적인 fingerprinting 기법인 PCR-DGGE 방법을 사용하여 이런 형태학적 동정의 제한점을 보완하고자 하는데 목적이 있다. 5곳의 호수 샘플로부터 2008년 8월 총 46개의 band를 찾을 수 있었고, 2008년 11월 총 26개 band를 찾을 수 있었다. 이 fingerprint 결과는 각각 다른 샘플링 장소를 비교하는데 용이하였다. 본 연구에서 PCR-DGGE 방법은 북한강 호수들의 플랑크톤 군집의 다양성을 파악하는데 사용되었고, 이 DGGE 기법이 플랑크톤의 동정 기법으로써의 가능성을... -
PCR-DGGE를 이용한 막걸리발효에서 미생물 다양성 분석
권승직, 안태영, 손재학, Kwon. Seung-Jik, Ahn. Tae-Young, Sohn. Jae-Hak 한국생명과학회 생명과학회지 7 Pages
한국생명과학회 생명과학회지 2012, Vol.22 No.2 232-238 (7 pages)
동안 세균과 진균의 다양성을 특성화하기 위해 16S와 28S rRNA 유전자를 목적으로 하는 PCRDenaturing Gradient Gel Electrophoresis (PCR-DGGE) 분석을 수행하였다. 막걸리 발효기간 동안 PCR-DGGE profile에서 검출된 세균은 16S rRNA 유전자 서열에 기초한 동정결과 Lactobacillus spp. (L. curvatus, L. kisonensis, L. plantarum, L. sakei 및 L. gasseri), Pediococcus spp. (P. acidilactici, P. parvulus, P. agglomerans및 P. pentosaceus), Pantoea spp. (P. agglomerans 및 P. ananatis) 그리고 Citrobacter freundii로 총... -
PCR-DGGE를 이용한 누룩에서의 미생물 다양성 분석
권승직, 손재학, Kwon. Seung-Jik, Sohn. Jae-Hak 한국생명과학회 생명과학회지 7 Pages
한국생명과학회 생명과학회지 2012, Vol.22 No.1 110-116 (7 pages)
이었다. 누룩 내 진균의 수는 $3.5{ imes}10^8$ CFU/g이었으며 순수분리와 PCR-DGGE 분석에서 우점종은 Trichomonascus spp., Pichia spp., Torulaspora spp., Wickerhamomyces spp., Sacharomycopsis spp., Lichtheimia spp., Mucor spp., Rhizopus spp., Aspergillus spp., Cladosporium spp.였다. PCR-DGGE profile에서 주된 우점종은 Pichia kudriavzevii와 Aspergillus oryzae이었다. PCR-DGGE 기술은 본 연구에서 누룩의 미생물군집을 평가하기 위해 처음으로 사용되었으며 미생물 다양성을 설명하는 데 효과적임을 입증하였다. -
16S rDNA-DGGE를 이용한 2종의 제주도 해양 해면의 공생세균의 군집 구조
박진숙, 심정자, 안광득, Park. Jin-Sook, Sim. Chung-Ja, An. Kwang-Deuk 한국미생물학회 미생물학회지 7 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2009, Vol.45 No.2 170-176 (7 pages)
후 DGGE 전기 영동하고 재증폭하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과 Dictyonella sp.에서 8개, Spirastrella abata에서 7개의 band를 확인할 수 있었다. 공통된 주요 band가 없는 패턴을 나타내었으며, DGGE band로부터 DNA를 추출하여 부분 염기서열을 분석한 결과, NCBI에 등록된 서열들과 93%~98%의 유사도를 나타내었다. Dictyonella sp.의 주요 해면 공생세균은 uncultured Gammaproteobacteria, Spirastrella abata의 경우 uncultured Alphaproteobacteria, Firmicutes에 각각 포함되어 해면 종에 따른 숙주 특이적 분포를 보이는... -
Role of RNase on Microbial Community Analysis in the Rice and Wheat Plants Soil by 16S rDNA-DGGE
Rahman. Md. Mizanur, Azad. Abul Kalam, Sima. Shamima Nasrin, Rahman. Md. Mashiar 한국작물학회 Journal of crop science and biotechnology 9 Pages
한국작물학회 Journal of crop science and biotechnology 2014, Vol.17 No.4 229-237 (9 pages)
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PCR-DGGE를 이용한 해양미생물의 다양성 조사
김영진, 조효진, 유선녕, 김광연, 김형락, 안순철, Kim. Yeong-Jin, Cho. Hyo-Jin, Yu. Sun-Nyoung, Kim. Kwang-Youn, Kim. Hyeung-Rak, Ahn. Soon-Cheol 한국수산과학회 한국수산학회지 6 Pages
한국수산과학회 한국수산학회지 2007, Vol.40 No.6 356-361 (6 pages)
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PCR-DGGE as a Supplemental Method Verifying Dominance of Culturable Microorganisms from Activated Sludge
Zhou. Sheng, Wei. Chaohai, Ke. Lin, Wu. Haizhen 한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 5 Pages
한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 2010, Vol.20 No.11 1592-1596 (5 pages)
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Diversity of Paenibacillus spp. in the Rhizosphere of Four Sorghum(Sorghum bicolor) Cultivars Sown with Two Contrasting Levels of Nitrogen Fertilizer Assessed by rpoB-Based PCR-DGGE and Sequencing Analysis
Coelho. Marcia Reed Rodrigues, Mota. Fabio Faria Da, Carneiro. Newton Portilho, Marriel. Ivanildo Evodio, Paiva. Edilson, Rosado. Ale 한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 8 Pages
한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 2007, Vol.17 No.5 753-760 (8 pages)
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고라니의 식이물 분석에 있어 Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis(PCR-DGGE)의 이용 가능성 연구
박지은, 김백준, 이상돈, Park. Ji-Eun, Kim. Baek-Jun, Lee. Sang-Don 한국환경생태학회 한국환경생태학회지 7 Pages
한국환경생태학회 한국환경생태학회지 2010, Vol.24 No.3 318-324 (7 pages)
각각 DNA를 추출하였고, 두 가지의 프라이머(rbcLZ1과 rbcL19bR)를 이용하여 ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase large subunit(rbcL) gene을 PCR 증폭하였다. 44개의 샘플 중 29 샘플에서 성공적으로 PCR을 수행하였다. 이 29개 partial rbcL gene의 PCR product는 PCR-DGGE에 이용되었다. 식이물에 대한 분석결과 총 6과의 식물이 확인되었다. 강원도 철원의 경우, 5과가 나타난 반면, 전라남도 동부의 경우, 3과만이 확인되었다. 이 연구에서는 종수준의 먹이식물의 구별에는 실패하였 지만, 차후 이 PCR-DGGE 기법은 고라니를... -
Senior Thai Fecal Microbiota Comparison Between Vegetarians and Non-Vegetarians Using PCR-DGGE and Real-Time PCR
Ruengsomwong. Supatjaree, Korenori. Yuki, Sakamoto. Naoshige, Wannissorn. Bhusita, Nakayama. Jiro, Nitisinprasert. Sunee 한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 8 Pages
한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 2014, Vol.24 No.8 1026-1033 (8 pages)
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Comparison of Ammonia-Oxidizing Bacterial Community Structure in Membrane-Assisted Bioreactors Using PCR-DGGE and FISH
Ziembinska. A., Ciesielski. S., Gnida. A., Zabczynski. S., Surmacz-Gorska. J., Miksch. K. 한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 9 Pages
한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 2012, Vol.22 No.8 1035-1043 (9 pages)
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Trends in genotype frequency resulting from breeding for resistance to classical scrapie in Belgium (2006∼2011)
Alexandre Dobly*, Sara Van der Heyden, Stefan Roels 대한수의학회 Journal of Veterinary Science 7 Pages
대한수의학회 Journal of Veterinary Science 2013, 제 14권 제 1호 7 45-51 (7 pages)
In sheep, susceptibility to scrapie is mainly determined by codons 136, 154, and 171 of the PRNP gene. Five haplotypes are usually present (ARR, ARQ, ARH, AHQ, and VRQ). The ARR haplotype confers the greatest resistance to classical scrapie while VRQ renders animals most susceptible. In 2004, the European Union implemented a breeding program that promotes selection of the ARR haplotype while reducing the incidence of VRQ. From 2006 to 2011 in Belgium, frequency for the ARR/ARR genotypes... -
발효 더덕 및 소금 처리 발효 더덕의 미생물 특성과 항산화, 항비만, 항당뇨 효능 변화
성은학, 이명종, 김호준, 신나래 한방비만학회 대한한방비만학회지 9 Pages
한방비만학회 대한한방비만학회지 2018, 제 18권 제 2호 6 106-114 (9 pages)
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천문동 뿌리의 자연발효에 관여하는 미생물 및 발효 후 효능 변화
김민지, 신나래, 이명종, 김호준 한방비만학회 대한한방비만학회지 10 Pages
한방비만학회 대한한방비만학회지 2018, 제 18권 제 2호 5 96-105 (10 pages)
