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Development and Evaluation of Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for Rapid Detection of Tylenchulus semipenetrans Using DNA Extracted from Soil
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 9 Pages
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 2017, 33권 2호 10 184-192 (9 pages)
a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay was developed to detect T. semipenetrans using DNA extracted from soil. A set of five primers was designed from the internal transcribed spacer region (ITS1) of rDNA, and was highly specific to T. semipenetrans. The LAMP reaction was performed at 63°C for 60 min. The LAMP product was visualized directly in one reaction tube by adding SYBR Green I. The detection limit of the LAMP assay was 10 J2/0.5 g of soil, which was 10 times more... -
DNA Microarray and Gene Ontology Enrichment Analysis Reveals That a Mutation in opsX Affects Virulence and Chemotaxis in Xanthomonas oryzae pv. oryzae
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 11 Pages
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 2016, 32권 3호 3 190-200 (11 pages)
a saccharide biosynthesis regulatory protein, on the virulence and bacterial chemotaxis of Xoo. We performed DNA microarray analysis, which showed that 63 of 2,678 genes, including genes related to bacterial motility (flagellar and chemotaxis proteins) were significantly downregulated (<−2 log;sub>2;/sub> fold changes) by the mutation in opsX. Indeed, motility assays showed that the mutant strain was nonmotile on semisolid agar swarm plates. In addition, a mutant strain... -
Microwave Irradiation-assisted RNA Extraction from Woody Tissues for Plant Virus Detection
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 3 Pages
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 2010, 26권 3호 14 286-288 (3 pages)
method, however, is both time-consuming and expensive. Additionally, homogenization may generate excessive endogenous RNases, polyphenolics, and other substances that reduce the quality and quantity of RNA. In this study, we describe the microwave irradiation-assisted RNA extraction (MIRE) technique which, without tissue disruption and homogenization, allows for the cost-effective and rapid generation of intact RNA from apple cane shavings and the reliable detection of apple virus by RT-PCR. -
중형저서동물에서 효율적인 DNA 추출 방법 비교 연구
이승한, 백진욱, 이원철, Lee. Seung-Han, Back. Jin-Wook, Lee. Won-Choel 한국환경생물학회 환경생물 6 Pages
한국환경생물학회 환경생물 2011, Vol.29 No.3 138-143 (6 pages)
처리하였을 때, 고정액의 종류에 따른 DNA (mtCOI)의 추출 효율을 비교하고자 하였다. 실험을 위해 저서성 요각류 Tigriopus japonicus s.l.를 실험동물로 사용하였으며, 99% 에탄올과 4%포르말린의 두 종류의 고정액을 사용한 뒤 이들을 각각 대조구로 삼았다. 그리고 (1) Ludox HS40, (2) Rose Bengal, (3) Ludox HS40+Rose Bengal을 각각 시료와 반응시킨뒤, mtCOI 유전자를 추출하였다. 이후 PCR을 진행하고 산물을 전기영동하여 유전자의 증폭여부를 확인하였다. 또한 모든 실험은 30회 반복하여 실험간의 결과를 비교 하였다. 그... -
토양 및 퇴적토 환경 시료로부터 DNA 추출하는 방법에 대한 고찰
유근제, 이재진, 박준홍, Yoo. Keun-Je, Lee. Jae-Jin, Park. Joon-Hong 한국지하수토양환경학회 지하수토양환경 11 Pages
한국지하수토양환경학회 지하수토양환경 2009, Vol.14 No.3 57-67 (11 pages)
대한 다양한 기초연구가 이루어졌지만, 실제 환경생태영향평가와 분해기능평가에 사용시 DNA추출방법 선정에 대한 지침 및 정보는 매우 부족하다. 이에 본 연구에서는 문헌조사를 통해서 다양한 방법들의 토양 및 퇴적토 내 미생물 DNA 추출 특성을 비교 분석하고, 현재 주로 사용되고 있는 DNA추출방법을 토양 및 퇴적토 환경평가나 오염지하수토양 자연저감능평가에 활용 할 경우 고려해야 할 기술적 사항에 대해 고찰하였다. 본 연구를 통해 하나의 특정 추출 방법으로는 미생물다양성, 군집구성 및 개체간 상호작용에 대한 정보를... -
대량의 쌀 시료 분석을 위한 DNA 추출법
최영덕, 이해광, 이윤숙, 윤정희, 김수정, 박성환, Choi. Young-Deok, Lee. Hae-Kwang, Lee. Yun-Suk, Yun. Jeong-Hee, Kim. Su-Jeong, Park. Seong-Whan 한국작물학회 Korean journal of crop science 5 Pages
한국작물학회 Korean journal of crop science 2006, Vol.51 269-273 (5 pages)
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다섯 가지 DNA 추출방법에 의한 옥수수 원료 및 가공시료의 DNA 추출 효율의 비교
이훈희, 송희성, 김재환, 이우영, 이순호, 박선희, 박혜경, 김해영, Lee. Hun-Hee, Song. Hee-Sung, Kim. Jae-Hwan, Lee. Woo-Young, Lee. Soon-Ho, Park. Sun-Hee, Park. Hye-Ky 한국응용생명화학회 한국응용생명화학회지 4 Pages
한국응용생명화학회 한국응용생명화학회지 2005, Vol.48 No.4 331-334 (4 pages)
효율을 비교하기 위해 수행하였다. 원료 옥수수 및 이를 가공한 시료들로부터 DNA추출을 하였으며, 추출된 DNA의 형상, 농도 및 순도 측정 그리고 PCR 분석 결과를 비교하였다. 5가지 방법으로 옥수수의 DNA를 추출한 결과, 추출방법에 따른 DNA 형상의 차이가 거의 없는 것을 확인하였으나, 각각의 시료들로부터 추출된 DNA의 양은 시료 g당 $0.25{mu}g$부터 $234.0{mu}g$까지 매우 다양하게 나타났다. 5가지 방법으로 옥수수 시료들의 DNA를 추출한 결과, CTAB법과 DNeasy plant Maxi 키트를 이용한 DNA 추출방법이 높은 수율을 보였다. -
유전자재조합 감자의 검정을 위한 DNA분리 및 PCR검출의 최적조건 탐색
신원선, 김명희, Shin. Weon-Sun, Kim. Myung-Hee 한국식품과학회 한국식품과학회지 7 Pages
한국식품과학회 한국식품과학회지 2003, Vol.35 No.4 591-597 (7 pages)
산물인 216bp의 산물이 냉동감자가공품과 감자칩에서 검출되었으며 재조합유전자인 New leaf plus 유래의 증폭산물(234bp)와 New lear Y유래의 증폭산물(225bp)는 검출되지 않았다. 본 실험의 결과 시료의 가공특성과 적용한 추출 kit 및 방법에 따라 genomic DNA 순도 및 추출수율이 크게 차이가 났으며 이것이 결국 PCR 결과에 의음성 혹은 의양성 등에 영향을 미치게 될 것으로 판단된다. 또한, 동일한 DNA추출방법에 의해서도 DNA가 추출되지 않은 경우가 있어서 동일한 시료에서 2회 반복 추출하는 것이 의음성결과를 피할 수 있는... -
DNA 직접추출법에 따른 산림토양 부식층 내 세균군집의 계통학적 다양성 비교
손희성, 한송이, 황경숙, Son. Hee-Seong, Han. Song-Ih, Whang. Kyung-Sook 한국미생물학회 미생물학회지 7 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2007, Vol.43 No.3 210-216 (7 pages)
의래 추출된 DNA를 대상으로 계통학적 군집해석을 수행한 결과가 보다 더 다양한 계통군을 검출할 수 있음이 밝혀졌다. 한편, ISOIL kit를 이용하여 구축된 총clone중 약40%가${alpha}-proteobacteria$ 계통군에 속하였으며, 약 30%가 ${gamma}-Proteobacteria$ 계통군에 속하여 우점 계통군으로 확인된 반면, manual법에 의해 구축된 clone의 41%가 Acidobacteria 계통군에 속하였고 ${alpha}-proteobacteria$(28%)가 우점 계통군으로 분포하는 계통학적 특징을 나타내어 DNA추출법에 따라 토양 세균군집 구조의 계통학적 특성 이...
