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MULTIFACTOR DIMENSIONALITY REDUCTION(MDR)을 이용한 한우 도체중에서의 주요 SNP 규명
이제영, 김동철, Lee. Jea-Young, Kim. Dong-Chul 한국통계학회 응용통계연구 11 Pages
한국통계학회 응용통계연구 2008, Vol.21 No.1 53-63 (11 pages)
polymorphism(SNP)을 한우의 경제적 특성인도체중(carcass cold weight)에 대하여 모수적인 방법인 ANOVA와 비모수적인 방법인 multifactor dimensionality reduction(MDR)을 이용하여 하나의 유전자의 효과와 두 개의 유전자의 상호작용 효과를 비교하였다. ANOVA에서는 하나의 유전자 SNP1이 도체중에 유의한 효과가 있었고 상호작용 효과에서는 도체중에 유의한 효과는 없었다. MDR에서는 하나의 유전자의 효과인 SNP1과 두 개의 유전자의 상호작용인 SNP1*SNP2의 효과가 컸으며 SNP1과 SNP1*SNP2를 비교했을 시에는 SNP1*SNP2의... -
Identification of Stearoyl-CoA Desaturase (SCD) Gene Interactions in Korean Native Cattle Based on the Multifactor-dimensionality Reduction Method
Oh. Dong-Yep, Jin. Me-Hyun, Lee. Yoon-Seok, Ha. Jae-Jung, Kim. Byung-Ki, Yeo. Jung-Sou, Lee. Jea-Young 아세아태평양축산학회 Asian-Australasian journal of animal sciences 11 Pages
아세아태평양축산학회 Asian-Australasian journal of animal sciences 2013, Vol.26 No.9 1218-1228 (11 pages)
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Detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis Assisted by Micro- Raman Spectroscopy under Laboratory Conditions
Moisé, s Roberto Vallejo Pé, rez, Hugo Ricardo Navarro Contreras, Jesú, s A. Sosa Herrera, José, Pablo Lara Á, vila 한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 12 Pages
한국식물병리학회 The Plant Pathology Journal 2018, 34권 5호 4 381-392 (12 pages)
Clavibacter michiganensis subsp. michiganesis (Cmm) is a quarantine-worthy pest in México. The implementation and validation of new technologies is necessary to reduce the time for bacterial detection in laboratory conditions and Raman spectroscopy is an ambitious technology that has all of the features needed to characterize and identify bacteria. Under controlled conditions a contagion process was induced with Cmm, the disease epidemiology was monitored. Micro-Raman spectroscopy (532 nm... -
고품질 한우를 위한 여러 경제형질에서의 주요 SNP 규명
이제영, 김동철, Lee. Jea-Young, Kim. Dong-Chul 한국통계학회 한국통계학회 논문집 8 Pages
한국통계학회 한국통계학회 논문집 2009, Vol.16 No.1 67-74 (8 pages)
SNP(19_1)$^*$SNP(28_2)가 등심단면적 (LMA: longissimus muscle dorsi area)에 주요한 유전자로 규명되었다. 여기에 추가로 도체중 (CWT: carcass cold weight)과 일당증체량 (ADG: average daily gain)을 선형 모형에 적용하였으며 또한 상호작용에 더 유리하고 연속형 데이터에도 사용할 수 있는 expanded multifactor dimensionality reduction (expanded MDR)을 이용하여 주요한 SNP를 파악하였다. Expanded MDR 적용결과 등심단면적과 같은 결과인 SNP(19_1)과 SNP(19_1)$^*$SNP(28_2)의 상호작용 형태가 가장 좋은 SNP로 선정되었으며, 최종적으로... -
유전자형별 상대 위험도를 이용한 유전자-유전자간 상호작용 탐색
정지원, 이재용, 이석훈, 박미라, Jung. Ji-Won, Yee. Jae-Yong, Lee. Suk-Hoon, Pa. Mi-Ra 한국통계학회 응용통계연구 9 Pages
한국통계학회 응용통계연구 2011, Vol.24 No.5 861-869 (9 pages)
유전자좌간의 상호작용이 있을 때에는 단일 유전자좌 분석으로는 이러한 목표를 달성하기 어려우므로, 유전자-유전자간 상호작용이나 유전자-환경인자간 상호작용분석을 고려할 필요가 있다. 자주 사용되는 MDR(multifactor dimensionality reduction)방법은 데이터를 고위험군과 저위험군으로 각각 병합하여 사용하므로 특정 유전자형에서 차이가 나는 경우에는 이를 찾아내기 어렵다. 본 연구에서는 이러한 점을 보완하도록 유전자형 조합에서의 대조군과 질환군의 상대위험도를 이용하여 유전자-유전자간 상호작용을 탐색하는 방법을... -
생존시간과 연관된 유전자 간의 교호작용에 관한 다중차원축소방법의 확장
오진석, 이승연, Oh. Jin Seok, Lee. Seung Yeoun 한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 11 Pages
한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 2014, Vol.25 No.5 1057-1067 (11 pages)
인간게놈 프로젝트 이후 질병과 연관된 변이유전자를 탐색하기 위해 유전형질의 차이에 영향을 주는 단일 유전자를 중심으로 전장유전체 연관성 연구가 활발하게 진행되어왔다. 그러나 전장유전체 연관성 연구에서 접근한 단일유전자 분석방법에 한계점이 발견되면서 최근에는 다중유전자 분석방법이나 유전자-유전자간의 상호작용에 대한 연구들이 활발하게 진행 중이다. 이 중 다중차원축소방법은 유전자-유전자간의 상호작용의 연관성을 찾아내기 위하여 고차원을 일차원으로 축소하는 방법으로 이진형 반응변수를 기반으로 크게... -
다중인자 차원 축소 방법에 의한 대사증후군의 위험도 분석과 오즈비
진미현, 이제영, Jin. Mi-Hyun, Lee. Jea-Young 한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 10 Pages
한국데이터정보과학회 한국데이터정보과학회지 2013, Vol.24 No.4 867-876 (10 pages)
대사증후군은 심혈관질환의 발생을 증가시키는 주요 요인으로 알려져 왔다. 특히 만성적인 대사장애로 여러 질병이 한 개인에게서 복합되어 나타나는 대사증후군의 경우 우리나라에서도 유병률이 점차 증가하는 추세이다. 이에 본 연구는 다중인자 차원 축소 방법을 이용하여 대사증후군의 위험도를 확인하고 여러 대사증후군 진단 조합 중에서 가장 위험한 조합을 제시하는 데 목적을 둔다. 자료는 질병관리본부에서 실시한 제 5기 국민건강영양조사 1차년도 (2010년)자료를 이용하여 성인 중에서 분석방법에 적용이 가능한 3,990명을...
