분단 이후 반세기 세월이 흐르는 동안 과학기술 분야에도 이질적인 문제가 산재해 있다. 남한이 응용과학을 토대로 삼고 있는데 비해 북한은 순수과학을 중시한다는 점, 북한이 발표했던 연구실적에 대한 진위 여부, 북한 과학자들과의 처우 문제 등은 통일 이후 논란이 될 수 있는 부분이다. 그러나 이런 예상되는 쟁점은 인문.사회과학 분야에 비하면 거의 없는 것이라 해도 과언이 아니다.