ETC가 보급되면 다양한 요금을 설정할 수 있다. 요금의 다양화는 이론적으로 다른 운전자에게 다른 요금을 부과한다는 차별요금을 의미한다. 차별요금은 그 이름과는 달리 잘 설정한다면 이용자인 운전자에게나 유료도로 운영자 모두에게 이익을 주는 것이다. 요금다양화를 잘 이용하기 위해서는 유료도로 운영자에 대한인센티브 부여가 중요하고, 여기에 주력 할 필요가 있다.