항문외과에서 에이즈 감염을 의심해야 할 경우는 항문 성교에 의한 물리적인 병변 및 성병의 형태로 나타나는 경우와 에이즈에 의해 면역이 저하됨에 따라 나타나는 여러 가지 기회 질환의 형태로 나타날 수 있다. HIV 감염자 및 AIDS환자의 항문, 직장 병변은 면역 저하와 관련된 여러 종류의 드문 감염질환과 종양의 형태로 나타날 수 있고 2가지 이상의 질병이 복합적으로 나타나는 경우가 흔하다. 많은 감염이 항문 성교를 받는 동성연애 남성에서 나타나지만 항문 성교의 과거력이 없는 이성 연애 남성 및 여성에게서도 생길 수 있다. 최근에는 이성간의 항문 성교가 HIV 감염의 중요한 원인 중 한가지로 강조되고 있다.