○ 막스플랑크 연구협회와 프라운호퍼 연구협회는 처음부터 국가나 산업계의 행정적 인 간섭을 배제하고 산하 연구소들의 자율적인 연구를 보장하는 데에 중점을 두 었다. 이러한 자율적인 조직의 원칙은 연방 정부에 의해서도 인정되어 정부 예산 에서 승인을 받아 이들에게 자금을 출연한 정부 기관들은 개별 사안에 따라 내용 적으로 일일이 감사할 수 있는 권한이 없다. 이는 연구협회 내에서도 연구협회 행 정기관이 개별 연구소 인사나 연구 내용에 대한 감독 기능이 없는 것과 동일하다. 연구협회는 예산안에 따른 집행이 이루어지고 경제성 및 절약의 원칙을 지키는가 등 기본적인 예산 집행의 원칙과 관련된 분야에서만 감독 기능을 발휘할 수 있도 록 되어 있다. 이에 따라 산하 연구소 소장들은 연구 분야에 관한한 절대적인 자 율권을 인정받고 있다. 또한 연구협회에서는 행정담당자들의 결정 능력을 강화시 키기 위한 방안으로 단독 행정보다는 집단 행정 원칙을 택하고 있다. ○ 라이프니츠 연구협회와 헬름홀쯔 연구센터협회의 경우는 독립적인 연구기관들의 행정 협력 기구로 출발하여 성격상 기관들 간의 협조 및 공조에 중점을 두었다. 연방 정부의 프로젝트 위주의 공동 연구 지향 정책이 강화되면서 이들 연구협회 는 단순한 행정적 협조 기능에서 점차 연구정책적인 기능을 요구받고 있다. 특히, 헬름홀쯔 연구센터협회의 발족은 바로 이런 요구에 부응하는 것이라고 할 수 있 다. 그리고 연구정책적인 기능이 강화되고 연구 협회가 전체 예산을 관장하게 됨 에 따라 앞의 두 연구협회와 차이가 사라지게 되었다. 다만, 그간 독립적인 예산 에 따라 운영되던 산하 연구기관들과 협회가 마찰없이 운영될 수 있는가가 새로 이 발족한 헬름홀쯔 연구센터협회가 당면한 문제일 것이다.