현재 우리나라 경제는 구조적인 저성장 시대로 진입하면서, 이에 대한 적응과 대비가 필요한 시점이다. 그동안 우리나라 혁신정책은 과학기술을 경제발전의 도구와 요소로서 이해하고 자금, 인력 등 요소투입 중심의 전략을 실행하면서 연구개발자원 요소의 양적 확대에 중점을 두었다. 이 글은 저성장 경제를 극복하고자 전향적으로 시도하고 있는 일본의 혁신정책 동향과 이를 위한 거버넌스 변화를 조사/분석하고, 우리 상황에 맞는 정책적 시사점을 제시하였다. 일본은 저성장 기조 탈피, 재해로부터의 부흥/재생 실현, 에너지 안정 확보, 저탄소사회 실현, 고령화문제 대응 등의 과제를 해결하고자 연구개발 방향을 전환하였다. 일본의 과학기술혁신정책의 특징은 과제 해결형 연구개발로 방향성을 변경한 것과 선택과 집중, 부처간/산학관 연계 강화이다. 이를 위해 컨트롤타워 기능 강화, 과학기술기본계획과 부처간 연계 강화 및 중점사업에 대한 예산 집중, 과학기술이노베이션 종합청사진을 마련하여 추진하고 있다. 우리나라도 저성장 기조를 맞이하여 이에 맞는 연구개발 체질 개선이 필요하다. 이원화된 예산편성 절차, 미흡한 선택과 집중, 과학기술기본계획과의 연계 미흡 등 현재 우리나라가 당면한 문제를 극복하기 위해서는 범부처 차원의 연구개발 종합조정 기능 강화, 선택과 집중 및 부처간/산학관 연계 강화, 계획 간의 정합성이 확보될 필요가 있다.