본 논문은 정부의 직접보조금이 민간기업의 연구 개발 투자에 미치는 영향을 분석한다. 특히 정부의 직접보조금이 일정한 정책적 목적에 따라 특정 기업 또는 기술에 집중되고 있는지, 그리고 민간기업의 R&D 투자를 대체 또는 보완하는 효과가 발생하는 경우 그러한 결과를 초래하는 구조적인 요인은 무엇인지를 실증적으로 분석하고자 한다. 표본선택 편의를 고려한 2단계 프로빗 모형을 이용한 회귀분석은 우선 정부의 민간 기업에 대한 직접 보조금 지급이 기술적 수요가 높은 특정 산업과 연구개발 집약도가 높은 기업에, 기존의 제품 및 공정을 개선하는 연구보다는 새로운 제품 및 공정을 개발하는 연구에, 그리고 기초연구보다는 응용중심연구에 집중되고 있음을 보였다. 그리고 위와 같은 정부의 보조금 지급 경향은 기존의 연구결과와는 달리 기업의 연구개발 지출을 촉진하는 보완적 효과를 띠는 것으로 나타났다. 반면 보조금을 받은 기업의 연구개발 지출이 경상비 및 인건비 등에 집중되어 있거나 보조금 수령 기업의 전체 연구개발비에서 정부보조금이 차지하는 비중이 클수록 정부 보조금이 민간연구개발비를 대체하는 구축 효과(crowding out effect)가 큰 것으로 나타났다. 반면 다른 조건이 같은 경우 보조금 수령 기업이 벤처기업일수록, 그리고 연구개발 지출 중 기계, 소프트웨어 등 자본재적 지출이 큰 기업일수록 정부보조금의 보완적 효과(complementary effects)가 큰 것으로 나타났다.