대학경영의 핵심적 쟁점은 “‘대학의 의사결정구조(거버넌스)’가 ‘대학경영자(社主-企業主: 국립대-정부, 사립대-재단)’가 중심이 되어야 하는가?, ‘구성원(교수, 학생, 직원)’이 중심이 되어야 하는 가?”이다. 다시 말하면 대학경영의 공공성(효율성, 투명성, 책무성)을 “ ‘경영적 자율성과 경제적 효율성’에 비중을 더 두어야 하는가?, 그렇지 않으면 ‘학문의 자유와 대학 자치’에 더 두어야 하는 가?”이다. 이는 대학 총장선출의 준거를 ‘경영의 효율성’과 ‘대학의 자치권’ 중 어디에 비중을 더 두어야하는 가의 문제로 귀결된다. 이러한 관점에서 사립대학은 재단이사회에서 총장선임권을 행사해 왔고, 이제 국공립대학도 정부가 행사하려고 마침내 칼을 빼 들었다고 할 수 있다. 본 논고에서는 국공립대학 총장선출을 역사적으로 고찰해보고, 몇 대학의 총장선출 사례를 들어서 사실적 분석을 통하여 문제점과 개선방안에 대하여 생각해보고자 한다.