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DGGE 방법과 Pyrosequencing 방법을 이용한 지렁이 장내미생물의 다양성 분석
김은성, 홍성욱, 정건섭, Kim. Eun-Sung, Hong. Sung-Wook, Chung. Kun-Sub 한국미생물생명공학회 한국미생물·생명공학회지 8 Pages
한국미생물생명공학회 한국미생물·생명공학회지 2011, Vol.39 No.4 374-381 (8 pages)
미생물과의 상호작용을 통하여 토양의 특성을 변화시킬 수 있는 지렁이 Eisenia fetida의 장내미생물 군집을 조사하기 위하여, 배양방법과 비배양방법인 DGGE와 pyrosequencing을 이용하여 8주와 16주 사육 지렁이의 장내미생물 군집을 분석하였다. 배양방법에서는 L. fusiformis(51%), B. cereus(30%), E. aerogenes(21%), 그리고 L. sphaericus (15%) 등이 우점미생물로 확인되었다. DGGE 분석에서는 B. cereus(15.1%), Enterobacter sp.(13.6%), uncultured bacterium (13.1%), 그리고 B. stearothermophilus(7.8%)가 우점미생물로... -
DGGE를 이용한 PCE 및 TCE의 혐기적 탈염소화 군집의 미생물 군집분석
김병혁, 조대현, 성열붕, 안치용, 윤병대, 고성철, 오희목, 김희식, Kim. Byung-Hyuk, Cho. Dae-Hyun, Sung. Youl-Boong, Ahn. Chi-Youg, Yoon. Byung-Dae, Koh. Sung-Cheol, Oh. 한국미생물생명공학회 한국미생물·생명공학회지 7 Pages
한국미생물생명공학회 한국미생물·생명공학회지 2010, Vol.38 No.4 448-454 (7 pages)
전자 공여체로 아세테이트를 사용하여 혐기성 회분식 실험을 실시 하였으며, 미생물 군집을 분석하기 위해, 분자생물학적인 기법인 16S rDNA의 DGGE 기법을 이용하였다. 그 결과, 4주간 집적배양을 통해 광양, 하남, 여천시료는 PCE와 TCE를 PCE 75% 이상, TCE 81% 이상 탈염소화하는 것으로 나타내며, 여천시료가 우수한 PCE/TCE탈염소화율을 보이고 있다(PCE 87.37%, TCE 84.46%). 또한, 전자 수용체에 따른 탈염소화 배양액의 미생물 다양성은 DGGE로 분석하였으며, 우점하는 미생물은 Clostridium sp., Desulfotomaculum sp.와... -
Seasonal and Spatial Diversity of Picocyanobacteria Community in the Great Mazurian Lakes Derived from DGGE Analyses of 16S rDNA and cpcBA-IGS Markers
Jasser. Iwona, Krolicka. Adriana, Jakubiec. Katarzyna, Chrost. Ryszard J. 한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 11 Pages
한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 2013, Vol.23 No.6 739-749 (11 pages)
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Application of rDNA-PCR Amplification and DGGE Fingerprinting for Detection of Microbial Diversity in a Malaysian Crude Oil
Liew. Pauline Woan Ying, Jong. Bor Chyan 한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 6 Pages
한국미생물생명공학회 Journal of microbiology and biotechnology 2008, Vol.18 No.5 815-820 (6 pages)
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생물 여과를 이용한 TCE/PCE제거 및 DGGE법을 이용한 관련미생물 군집변화에 관한 연구
김응인, 박옥현, 정인경, Kim. Eung-In, Park. Ok-Hyun, Jung. In-Gyung 대한환경공학회 대한환경공학회지 9 Pages
대한환경공학회 대한환경공학회지 2008, Vol.30 No.11 1161-1169 (9 pages)
염소화 휘발성 유기물 증기의 분해에도 관여하고, TCE/PCE 증기의 생물학적 저감과정에서 공동대사가 반드시 필요하지는 않는 것임을 시사한다. DGGE밴드의 16S rDNA의 염기서열을 결정한 결과 (i) uncultured alpha proteobacterium, uncultured Desulfitobacterium sp., uncultured Rhodobacteraceae bacterium, Cupriavidus necator, Pseudomonas putida 등이 toluene 분해 미생물들이었고 (ii) alpha proteobacterium HTCC396이 TCE 제거미생물이고, (iii) Desulfitobacterium sp.이 PCE 분해에 관여하는 것으로 추정된다. (iv) 특히... -
PCR-DGGE 방법을 이용한 북한강 수계 호수의 플랑크톤 군집 분석
김윤정, 김민경, 이상돈 한국습지학회 한국습지학회지 10 Pages
한국습지학회 한국습지학회지 2012, Vol.14 No.3 10 419-428 (10 pages)
있다. 본 연구에서는 미생물 군집의 다양성을 분석하는데 효과적인 fingerprinting 기법인 PCR-DGGE 방법을 사용하여 이런 형태학적 동정의 제한점을 보완하고자 하는데 목적이 있다. 5곳의 호수 샘플로부터 2008년 8월 총 46개의 band를 찾을 수 있었고, 2008년 11월 총 26개 band를 찾을 수 있었다. 이 fingerprint 결과는 각각 다른 샘플링 장소를 비교하는데 용이하였다. 본 연구에서 PCR-DGGE 방법은 북한강 호수들의 플랑크톤 군집의 다양성을 파악하는데 사용되었고, 이 DGGE 기법이 플랑크톤의 동정 기법으로써의 가능성을... -
PCR-DGGE를 이용한 막걸리발효에서 미생물 다양성 분석
권승직, 안태영, 손재학, Kwon. Seung-Jik, Ahn. Tae-Young, Sohn. Jae-Hak 한국생명과학회 생명과학회지 7 Pages
한국생명과학회 생명과학회지 2012, Vol.22 No.2 232-238 (7 pages)
동안 세균과 진균의 다양성을 특성화하기 위해 16S와 28S rRNA 유전자를 목적으로 하는 PCRDenaturing Gradient Gel Electrophoresis (PCR-DGGE) 분석을 수행하였다. 막걸리 발효기간 동안 PCR-DGGE profile에서 검출된 세균은 16S rRNA 유전자 서열에 기초한 동정결과 Lactobacillus spp. (L. curvatus, L. kisonensis, L. plantarum, L. sakei 및 L. gasseri), Pediococcus spp. (P. acidilactici, P. parvulus, P. agglomerans및 P. pentosaceus), Pantoea spp. (P. agglomerans 및 P. ananatis) 그리고 Citrobacter freundii로 총... -
PCR-DGGE를 이용한 누룩에서의 미생물 다양성 분석
권승직, 손재학, Kwon. Seung-Jik, Sohn. Jae-Hak 한국생명과학회 생명과학회지 7 Pages
한국생명과학회 생명과학회지 2012, Vol.22 No.1 110-116 (7 pages)
이었다. 누룩 내 진균의 수는 $3.5{ imes}10^8$ CFU/g이었으며 순수분리와 PCR-DGGE 분석에서 우점종은 Trichomonascus spp., Pichia spp., Torulaspora spp., Wickerhamomyces spp., Sacharomycopsis spp., Lichtheimia spp., Mucor spp., Rhizopus spp., Aspergillus spp., Cladosporium spp.였다. PCR-DGGE profile에서 주된 우점종은 Pichia kudriavzevii와 Aspergillus oryzae이었다. PCR-DGGE 기술은 본 연구에서 누룩의 미생물군집을 평가하기 위해 처음으로 사용되었으며 미생물 다양성을 설명하는 데 효과적임을 입증하였다. -
16S rDNA-DGGE를 이용한 2종의 제주도 해양 해면의 공생세균의 군집 구조
박진숙, 심정자, 안광득, Park. Jin-Sook, Sim. Chung-Ja, An. Kwang-Deuk 한국미생물학회 미생물학회지 7 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2009, Vol.45 No.2 170-176 (7 pages)
후 DGGE 전기 영동하고 재증폭하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과 Dictyonella sp.에서 8개, Spirastrella abata에서 7개의 band를 확인할 수 있었다. 공통된 주요 band가 없는 패턴을 나타내었으며, DGGE band로부터 DNA를 추출하여 부분 염기서열을 분석한 결과, NCBI에 등록된 서열들과 93%~98%의 유사도를 나타내었다. Dictyonella sp.의 주요 해면 공생세균은 uncultured Gammaproteobacteria, Spirastrella abata의 경우 uncultured Alphaproteobacteria, Firmicutes에 각각 포함되어 해면 종에 따른 숙주 특이적 분포를 보이는...
