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능이버섯의 ITS염기서열과 유전적 변이
김종봉, Kim. Jong Bong 한국생명과학회 생명과학회지 4 Pages
한국생명과학회 생명과학회지 2004, Vol.14 No.6 963-966 (4 pages)
능이버섯의 16S ribosomal DNA일부분, IT1, 5.85 ribosomal DNA, ITS2의 전부분, 28S ribosomal DNA 일부분이 포함된 ITS영역의 염기서열을 분석하였다. 이 부분은 716개의 염기쌍으로 구성되었다. 이를 Sarcadon속에 속하는 종들과 비교분석한 결과 같은 능이버섯의 ITS에 관한 다른 분석결과 염기치환 및 결실을 근거로 하였을 경우 $1.8\%$의 차이를 나타내었다. 또한 S. imbricatus와는 $1.8\%$, S. sequamous와는 $10\%$차이를 나타내었다. 이는 능이버섯이 숙주, 서식지 환경 등의 특수성 때문에 자연상태에서 유전자교류가... -
한우 경제형질에 미치는 Mitochondrial DNA D-loop 영역의 염기서열 변이효과
오재돈, 윤두학, 공홍식, 임현진, 이학교, 조병욱, 홍기창, 전광주, Oh. J.D., Yoon. D.H., Kong. H.S., Lim. H.J., Lee. H.K., Cho. B.W., Hong. K.C., Jeon. G.J. 한국동물자원과학회 한국동물자원과학회지 6 Pages
한국동물자원과학회 한국동물자원과학회지 2003, Vol.45 No.6 933-938 (6 pages)
본 연구는 한우 mt DNA D-loop 영역의 염기변이 다형성과 경제형질간의 관련성을 분석하기 위하여 수행하였다. 한우의 mtDNA D-loop 영역에서 단일염기의 치환 의해 총 25개의 polymorphic site가 확인되었다. 그중 주요 Polymorphic site의 염기변이 빈도는 169, 16042, 16093, 16119, 16255 및 16302번째 위치에서 0.891, 0.117, 0.109, 0.182, 0.197 및 0.117로 검출되었다. 169 및 16119번째 위치에서의 염기치환에 의한 MS의 효과는 -1.08(p〈0.05), 1.29(p〈0.01)로 나타났으며, 169 및 16042번째 위치에서의 염기치환에 의한 BF의... -
한우 Mitochondrial DNA D-loop 영역의 염기서열 및 유전변이
정의룡, 김우태, 김연수, 이정구, 한상기, Chung. E.R., Kim. W.T., Kim. Y.S., Lee. J.K., Han. S.K. 한국동물자원과학회 한국동물자원과학회지 10 Pages
한국동물자원과학회 한국동물자원과학회지 2002, Vol.44 No.2 181-190 (10 pages)
본 연구는 한우 mt DNA 염기서열 가운데 $tRNA^{Pro}$와 $tRNA^{Pre}$ 유전자 사이에 위치하고 있는 D-loop 영역의 염기서열을 결정하고 한우의 염기변이 다형성을 분석하기 위하여 mt DNA의 D-loop 영역내 404번부터 15061까지 1142bp 크기의 염기서열 부위를 특이적인 primer를 이용하여 PCR로 증폭하였다. 한우의 mt DNA내 D-loop 영역에서 단일염기의 치환 및 삽입에 의해 총 24개의 polymorphic site가 확인되었다. 한우 mt DNA D-loop 영역 가운데 16042～16122번째에 위치하고 있는 영역의 염기치환율이 다른 염기서열 영역에... -
Holstein의 유량과 유지방 생산에 미치는 Mitochondrial DNA D-loop 영역의 염기 서열 변이 효과
오재돈, 공홍식, 이학교, 전광주, Oh. J. D., Kong. H. S., Lee. H. K., Jeon. G. J. 한국동물번식학회 Reproductive & developmental biology 5 Pages
한국동물번식학회 Reproductive & developmental biology 2005, Vol.29 No.1 9-13 (5 pages)
본 연구는 젖소(Holstein종)의 mtDNA D-loop 영역 염기변이 다형성과 경제형질간의 관련성을 분석하기 위하여 수행하였다. 젖소의 mtDNA D-loop 영역에서 단일염기의 치환에 의해 총 35개의 polymorphic site가 확인되었다. 그중 주요 Polymorphic site의 염기변이 빈도는 106, 169, 16057, 16231 및 16255 지역에서 높은 빈도의 염기치환이 검출되었다. 169 지역은 A가 G로 염기치환이 일어났고 그 빈도는 0.555로 높게 나타났으며 염기치환에 의한 산유량 효과는 1259.6 kg(P<0.05)로 나타났다. 유지방과의 관계를 분석한 결과 16118... -
CNVDAT : 차세대 시퀀싱 데이터를 위한 유전체 단위 반복 변이 검출 및 분석 도구
강인호, 공진화, 신재문, 이은주, 윤지희, Kang. Inho, Kong. Jinhwa, Shin. JaeMoon, Lee. UnJoo, Yoon. Jeehee 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 7 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 데이타베이스 2014, Vol.41 No.4 249-255 (7 pages)
유전체 단위 반복 변이(CNV)는 유전적 구조변이의 하나로서, 암을 포함하는 인간의 질병과 밀접한 연관성이 있는 것으로 알려져 있다. 암 유전자를 규명하기 위하여, 연구자는 특정 암 환자의 대규모 유전체 데이터를 분석하여 CNV를 찾아내야하며, 동시에 대규모 유전/임상 데이터를 연계 분석하여야 한다. 본 연구는 NGS 데이터로부터 CNV를 추출하고, 추출된 CNV와 관련된 유전/임상 정보를 체계적으로 연계 분석하는 기능을 제공하는 새로운 분석 툴 CNVDAT를 제안한다. CNV 추출 모듈은 스케일 스페이스 필터링 기법을 이용하여... -
한우 산유량에 미치는 Mitochondrial DNA D-loop영역의 염기서열 변이효과
공홍식, 오재돈, 임현진, 이학교, 전광주, 윤두학, 전기준, 최재관, 최연호, 조병욱, Kong. H.S., Oh. J.D., Lim. H.J., Lee. H.K., Jeon. G.J., Yoon. D.H., Jeon. G.J., Choi. J.G., Choi 한국동물자원과학회 한국동물자원과학회지 6 Pages
한국동물자원과학회 한국동물자원과학회지 2004, Vol.46 No.5 729-734 (6 pages)
본 연구는 한우의 mtDNA D-loop 영역 염기 변이가 산유량에 미치는 효과를 검증하기 위하여 수행하였다. 젖소의 mtDNA D-loop 영역에서 단일염기의 치환이 20 개의 지역에서 확인되었다. 그중 8, 169, 16042, 16051, 16057, 16093, 16119, 16122, 16209, 16255, 16302 bp 지역에서 높은 빈도의 염기치환이 검출되었다. 16119bp 지역에서는 T가 C로 치환된 빈도가 0 .138로 검출되었으며, 이 위치에서의 염기치환에 의한 산유량 효과는 -1.61 (p<0.1)로 나타났다. 16185bp 지역에서의 염기치환에 의한 산유량 효과는 3.557(p<0.05)로...
