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단백질 허브 네트워크에서 도메인분석을 통한 단백질 기능발견 시스템
강태호, 류제운, 김학용, 유재수, Kang. Tae-Ho, Ryu. Jea-Woon, Kim. Hak-Yong, Yoo. Jae-Soo 한국콘텐츠학회 한국콘텐츠학회논문지 13 Pages
한국콘텐츠학회 한국콘텐츠학회논문지 2008, Vol.8 No.1 259-271 (13 pages)
본 논문에서는 단백질-단백질 상호작용과 도메인 분석을 통해 기능이 알려지지 않은 미지 단백질의 기능을 예측할 수 있는 알고리즘을 제안한다. 먼저 MIPS 데이터베이스로부터 효모에 대한 단백질-단백질 상호작용(PPI) 네트러크를 구축한다. 구축된 PPI 네트워크는(단백질 3,637개, 상호작용 10,391개) 많은 상호작용을 갖는 소수의 단백질들을 갖으면서 단백질 클러스터의 고유한 모듈성을 보이는 스케일 프리 네트워크와 계층적 네트워크의 특성을 보인다 단백질-단백질 상호작용 데이터베이스는 Y2보(Yeast Two Hybrid) 실험 등으로... -
새로운 재조합 베큘로바이러스 벡터의 유전자 전달과 유전자 발현의 효과
권태동, 홍성갑, Kweon. Tae-Dong, Hong. Seong-Karp 한국정보통신학회 한국정보통신학회논문지 6 Pages
한국정보통신학회 한국정보통신학회논문지 2014, Vol.18 No.8 2017-2022 (6 pages)
폴리히드론 프로모터, 수포성구내염 바이러스G, 폴리A, 사이토메가바이러스 프로모터, 강화녹색형광단백질, 단백질전달부위 유전자 등을 포함한 새로운 베큘로바이러스 시스템이 제조되었다. 본 재조합벡터 시스템은 인간 섬유아세포에 적용하여 시험하였고 재조합된 유전자의 전달과 유전자 발현을 대조 벡터시스템과 비교하였다. 본 연구로부터 새롭게 제작된 본 베큘로바이러스 시스템이 유전자의 전이와 유전자 발현 면에서 대조 벡터시스템 보다 고효율을 나타내었다. -
SCOPML과 SCOPBrowser에 관한 연구
안건태, 윤형석, 황의윤, 김진홍, 이명준, Ahn. Geon-Tae, Yoon. Hyeong-Seok, Hwang. Eui-Yoon, Kim. Jin-Hong, Lee. Myung-Joon 한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part D. Part D 10 Pages
한국정보처리학회 정보처리학회논문지. The KIPS transactions. Part D. Part D 2003, No.0 133-142 (10 pages)
포스트지놈 시대에 있어서 가장 주된 연구는 단백질의 구조적 유사성이나 분류학적인 연관성을 밝히는 것이다. SCOP 단백질 구조 분류는 이러한 목적을 위한 대표적인 데이터베이스로서, 3차원 구조가 알려진 단백질에 대한 구조적 분류학적 관계에 대한 상세한 기술을 제공한다. 하지만, SCOP 데이터는 단순 텍스트 형식의 자료로만 제공되고 있어서 이를 이용한 다른 분석 도구나 자원을 개발할 경우 그 작업이 번거로우면서도 오류 발생의 소지가 높다. 따라서 이러한 데이터를 연주자들이 보다 효과적으로 이용할 수 있도록 표준화된... -
도메인 조합 기반 단백질 상호작용 가능성 순위 부여 기법
한동수, 김홍숙, 장우혁, 이성독, Han. Dong-Soo, Kim. Hong-Song, Jong. Woo-Hyuk, Lee. Sung-Doke 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KISS : Computing practices. 컴퓨팅의 실제 9 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KISS : Computing practices. 컴퓨팅의 실제 2005, Vol.11 No.5 427-435 (9 pages)
인터넷 상에 단백질 및 관련 데이터의 축적에 따라, 도메인에 기반하여 단백질의 상호작용을 계산적으로 예측하는 많은 기법들이 제안되었다. 그러나, 대부분의 기법들이 예측에서 낮은 정확도와 복수개의 단백질 쌍에 대한 상호작용 가능성들 간에 순위 정보를 제공하지 못하는 등의 한계로 인하여 실무 적용에 한계를 가지고 있다. 본 논문에서는 도메인 조합 기반 단백질 상호작용 예측 기법을 재평가하고 상호작용하는 것으로 예측되는 복수개의 단백질 쌍들에서 이들의 상호작용 가능성들 간에 순위를 부여하는 방법을 제시한다.... -
상호작용 중요도 행렬을 이용한 단백질-단백질 상호작용 예측
장우혁, 정석훈, 정휘성, 현보라, 한동수, Jang. Woo-Hyuk, Jung. Suk-Hoon, Jung. Hwie-Sung, Hyun. Bo-Ra, Han. Dong-Soo 한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 10 Pages
한국정보과학회 정보과학회논문지. Journal of KIISE. 소프트웨어 및 응용 2009, Vol.36 No.10 851-860 (10 pages)
위한 도메인간의 협업 확률이 고려된 Weighted 도메인 조합과, 다수의 Weighted 도메인 조합 중 실제 상호작용 주체가 될 확률을 도메인 조합 쌍의 힘(Domain Combination Pair Power, DCPPW)으로 수치화한다. DIP과 IntAct에서 얻어온 S. cerevisiae의 단백질 상호작용 데이터와 Pfam-A 도메인 정보를 사용한 정확도 검증 결과, 평균 63%의 민감도와 94%의 특이도를 확인하였으며, 학습집단의 증가에 따른 안정적인 예측 정확도 향상을 보였다. 본 논문에서 구현한 예측 시스템과 학습 데이터는 웹(http://code.google.com/p/prespi)을... -
1 ns 이하의 자화 용이축 펄스 자기장에 의한 자성박막의 자화 반전 거동
이진원, 한윤성, 이상호, 홍종일, Lee. Jin-Won, Han. Yoon-Sung, Lee. Sang-Ho, Hong. Jong-Ill 한국자기학회 韓國磁氣學會誌 6 Pages
한국자기학회 韓國磁氣學會誌 2007, Vol.17 No.5 188-193 (6 pages)
두께 방향으로 형성된 강한 반자장의 영향에 의해 나타나는 것으로 여겨진다. Edge domain이 더 많은 직사각형 모양의 경우 자화반전이 일어나는 동안 자기모멘트의 세차 운동에 의해 생기는 $M_z$ 성분, 즉 두께방향으로 형성된 반자장이 더 작고, 이에 따라 자화 반전이 예상되는 영역에서 자화 반전이 일어나지 않는 비정상적인 자화 반전 영역이 더 적어짐을 확인하였다. 본 시뮬레이션 결과는 자성박막의 안정된 고속 자화반전을 위해서는 반자장의 영향을 최소화하는 것이 중요하다는 것을 보여준다.ein diet 처리구들과 low crude... -
분리 대장균 O139의 Shigatoxin2e A 유전자의 효소 활성부에 대한 결손변이 유발 및 변이 단백질의 발현
조은정, 김도경, 김상현, 김영일, 이철현, 이우원, 손원근, 신종욱, 김용환, Cho. Eun-jung, Kim. Do-kyong, Kim. Sang-hyun, Kim. Yeong-il, Lee. Chul-hyun, Lee. Woo-won, Son. Wo 한국임상수의학회 Journal of veterinary clinics 6 Pages
한국임상수의학회 Journal of veterinary clinics 2005, Vol.22 No.4 386-391 (6 pages)
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3T3-L1 세포의 지방세포형성과정에서 Baicalin에 의한 유전자 발현 프로파일 분석
이해용, 강련화, 정상인, 조수현, 윤유식, Lee. Hae-Yong, Kang. Ryun-Hwa, Chung. Sang-In, Cho. Soo-Hyun, Yoon. Yoo-Sik 한국식품영양과학회 한국식품영양과학회지 10 Pages
한국식품영양과학회 한국식품영양과학회지 2010, Vol.39 No.1 54-63 (10 pages)
A synthase 2), IGFBP7(insulin-like growth factor binding protein 7), MERTK(c-merproto-oncogene tyrosine kinase), RASSF2(ras association(RalGDS/AF-6) domain family 2), RHOU(ras homolog gene family, member U) 및 SESN1(sestrin1) 등이 포함되었다. 결론적으로 baicalin은 세포 증식 및 지방세포 형성과 연관된 유전자들을 조절함으로써 지방세포의 분화를 억제하는 것으로 사료된다. 이러한 결과는 baicalin이 유도하는 지방세포 형성 억제 및 비만 억제 효과의 분자적 기작에 대한 중요한 정보를 제시한다. -
Biochemical and Molecular Biological Studies on the DNA Replication of Bacteriophage T7
KIM. Young Tae 한국수산학회 한국수산학회지: Bulletin of the Korean Fisheries Society 10 Pages
한국수산학회 한국수산학회지: Bulletin of the Korean Fisheries Society 1995, Vol.28 No.2 209-218 (10 pages)
2.5 단백질의 생체내 기능에 대한 유전학적 연구와 단백질을 분리 정제하여 복제 단백질들과의 상호작용에 대한 연구를 수행하였다. 연구결과 gene 2.5 단백질은 DNA복제시 필수 구성단백질로 작용하며, 복제과정에서 유전자 복제에 관여하는 핵심 단백질들인 DNA polymerase, helicase/primase와 직접 단백질-단백질 상호 협동 작용을 하는 r것을 증명하였다. 특히 gene 2.5 단백질의 C-terminal domain이 절편된 변이체의 경우 복제 단백질들과 상호작용이 결여되었다. 따라서 C-terminal domain이 gene 2.5 단백질의 기능에 필수적으로... -
생분해성 고분자, 폴리하이드록시알카노에이트를 이용한 바이오센서 칩 연구와 그 응용
박태정, 이상엽, Park. T.J., Lee. S.Y. 한국생물공학회 한국생물공학회지 7 Pages
한국생물공학회 한국생물공학회지 2007, Vol.22 No.6 371-377 (7 pages)
나노기술과 바이오기술의 융합연구에 의해 나노바이오기술이 발전되고 있다. 나노바이오기술의 중요한 응용연구 중의 하나로서, 진단이나 바이오센서 분야에서 단백질-단백질 및 단백질-바이오물질간의 상호작용을 연구하기 위한 단백질 센서 칩이 개발되어 왔다. 본 논문에서는 단백질의 선택적 고정화를 위한 새로운 생체고분자 기질로 PHA를 이용하는 첫 번째 예로서, 단백질-단백질 및 항원-항체 반응의 구현을 나타내고자 하였다. 본 시스템은 PHA 표면 위에서 PHA depolymerase의 SBD와의 선택적 결합에 기반한 것으로, PHA...