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배양법과 DGGE에 의한 해양세균 군집의 비교분석
김말남, 방효주, Kim. Mal-Nam, Bang. Hyo-Joo 한국환경생물학회 환경생물 7 Pages
한국환경생물학회 환경생물 2006, Vol.24 No.4 307-313 (7 pages)
동정한 배양법과 16S rRNA PCR-DGGE로 분석한 결과를 상호비교하였다. 배양법에 의한 각 계절별 해양세균 군집의 종조성은 2004년 9월은 5종, 11월은 5종, 2005년 1월은 4종, 5월은 6종 및 8월은 10종으로 조사되었고, Pseudomonas fluorescens와 Acinetobacter lwoffii는 계절과 관계없이 모두 검출되었으며, 그 외에 Pseudomonas stutzeri, Sphingomonas paucimobilis 및 Burkholderia mallei 등이 동정되었다. 16S rRNA PCR-DGGE에 의한 군집분석 결과는 2004년 9월은 10개체군, 11월은 11개체군, 2005년 1월은 6개체군, 5월은 9개체군... -
DGGE를 이용한 동굴 생태계 세균 군집 구조 분석
조홍범, 정순오, 최용근 한국환경생물학회 환경생물 7 Pages
한국환경생물학회 환경생물 2004, Vol.22 No.1 213-219 (7 pages)
GC341F와 PRUN518r을 primer로 사용하여 지하수내에 미생물 군집의 다양성과 유사성을 분석하였다. DGGE band 양상을 통해 동굴내의 세균 군집 구조는 외부 환경에 비해 상대적으로 종다양성이 낮으며 동굴내 에서 특이적으로 서식하는 종이 있음을 확인하였다. 또한 유기 영양물질의 공급이 제한되어 있는 동굴에서 구아노가 주요 유기 영양물질의 공급원으로서 큰 영향을 미치고 있는 것으로 파악되었다. DGGE 상의 일부 band의 염기서열분석 결과 Pseudomonas sp. NZ060과 Pseudomonas pseudoalcaligenes, uncultured Variovorax sp.,... -
DGGE 방법과 배양법을 이용한 강원지역 전통 발효 청국장에서 미생물의 다양성 분석
홍성욱, 임인규, 김용우, 신승미, 정건섭, Hong. Sung Wook, Lim. In Kyu, Kim. Yong Woo, Shin. Seung-Mee, Chung. Kun Sub 한국식품과학회 한국식품과학회지 6 Pages
한국식품과학회 한국식품과학회지 2013, Vol.45 No.4 515-520 (6 pages)
전통적인 방법으로 제조한 청국장과 볏짚시료로부터 배양방법과 비배양방법인 DGGE를 이용한 청국장의 발효미생물 군집을 분석하였다. 배양방법에서는 미륵산농원의 볏짚과 청국장 시료에서 P. agglomerans (65%)와 B. subtilis (60%)가 우점미생물로 나타내었고, 흥업토속 청국장의 볏짚과 청국장 시료에서는 B. amyloliquefaciens (57%와 52%)가 우점미생물로 확인하였다. DGGE 분석에서는 미륵산농원의 볏짚과 청국장 시료에서 P. agglomerans (Band intensity 20.6%)와 B. subtilis (Band intensity 25.7%)가 우점미생물로 나타내었고... -
Biolog Ecoplate와 DGGE 방법을 이용한 알칼리화 토양의 미생물군집 변화 평가
이은영, 홍선화, Lee. Eun Young, Hong. Sun Hwa 한국생물공학회 KSBB Journal 7 Pages
한국생물공학회 KSBB Journal 2013, Vol.28 No.5 275-281 (7 pages)
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Bacterial Community Structure Shift Driven by Salinity: Analysis of DGGE Band Patterns from Freshwater to Seawater of Hyeongsan River, Korea
백보람, 황철원, 도형기, Beck. Bo Ram, Holzapfel. Wilhelm, Hwang. Cher Won, Do. Hyung Ki 한국생명과학회 생명과학회지 9 Pages
한국생명과학회 생명과학회지 2013, Vol.23 No.3 406-414 (9 pages)
경북 형산강의 하류에서부터 연안해역으로 유입되는 곳까지 약 2.91 km 간격으로 0.02%, 1.48%, 2.63%, 3.62%의 염분을 포함하는 물 시료를 얻어 denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)를 수행하였다. 계통분석, 계통수 및 각 시료간의 연관성을 조사한 결과, 미생물 군집의 변화가 염분의 증가에 따라 점진적으로 변화하는 것을 확인하였으며, 이는 염분의 농도가 미생물 군집에 큰 영향을 미치는 요소임을 제시한다. 덧붙여 연안 지역이나 다른 수계환경에 비해 하류지역은 염분의 점진적인 변화로 인해 좁은 면적에 비하여... -
DGGE에 의한 남태평양 해면 Dactylospongia metachromia의 공생세균 다양성
정인혜, 박진숙, Jeong. In-Hye, Park. Jin-Sook 한국미생물학회 미생물학회지 6 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2013, Vol.49 No.4 377-382 (6 pages)
두 개체 CH607과 CH840를 이용하여 DGGE 분석을 수행한 결과, 동종의 두 개체 해면에서 동일한 밴드 패턴을 나타내었다. DGGE 밴드로부터 DNA를 추출하여 염기서열을 분석한 결과, 알려진 염기서열들과 93-100%의 유사도를 나타내었으며 밴드로부터 밝혀진 모든 서열들은 배양되지 않은 세균 클론들과 높은 상동성을 나타내었다. D. metachromia (CH607, CH840)의 공생세균 군집구조는 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Chloroflexi, Cyanobacteria, Spirochaetes로 총 6문... -
RFLP와 DGGE에 따른 해면 Spirastrella abata 공생세균의 다양성 비교
정은지, 임춘수, 박진숙, Jeong. Eun-Ji, Im. Choon-Soo, Park. Jin-Sook 한국미생물학회 미생물학회지 9 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2010, Vol.46 No.4 366-374 (9 pages)
분석 결과 5개의 DGGE band가 확인 되었고, 각각의 band의 염기서열 분석 결과 알려진 염기서열들과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 band로부터 밝혀진 모든 서열들은 배양되지 않은 세균 클론들과 높은 상동성을 나타내었다. DGGE에 의한 공생세균 군집은 Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Spirochetes, Chloroflexi로 4개의 문(phylum)으로 나타났다. Spirastrella abata의 공생세균 군집에 대한 RFLP와 DGGE 적용 결과, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria의 공... -
DGGE를 이용한 대청호 수화 발생시기의 세균군집 분석
고소라, 박성주, 안치용, 최애란, 이정숙, 김희식, 윤병대, 오희목, Ko. So-Ra, Park. Seong-Joo, Ahn. Chi-Yong, Choi. Aeran, Lee. Jung-Sook, Kim. Hee-Sik, Yoon. Byung-Dae, 한국미생물학회 미생물학회지 6 Pages
한국미생물학회 미생물학회지 2004, Vol.40 No.3 205-210 (6 pages)
Chroococcus, Oscillatoria, Phormidium 속이 크게 우점하였다. 16S rDNA의 DGGE pronto 분석에 의하여 Microcystis flos-aquae와 Oscillatoria spp.가 우점하는 것으로 확인되었으며, Aphanizomenon flos-aquae는 8월 중순에 우점하는 것으로 확인되었다. DGGE profile을 토대로 cluster analysis를 적용하여 다양한 미생물 군집의 유사성을 비교한 결과, 9월 2일의 미생물 군집이 다른 시기의 시료와 확연히 다른 그룹으로 구분되었다. 결과적으로 분자 생물학적 방법은 형태적 분석방법과 유사한 결과를 보였으며, 일부 세균의 분포 및...