합성 DNA는 분자 생물학의 모든 분야의 연구에 사용될 수 있으며 앞으로도 그 이용도는 더욱 증가할 것으로 전망된다. 합성 기술의 발달로 생리활성을 가진 인조 유전자를 제조하는 것이 가능해졌으며 또한 다른 방법으로는 어려운 유전자의 분리와 cloning, site specific mutagenesis, 질병의 진단, 유전자의 구조 및 기능의 연구등 수많은 분야의 연구에 이용되고 있다. 본 고에서는 현재 여러 군데 분자 생물학 연구실에서 성공적으로 사용되고 있는 자동 합성기에 의한 phosphite합성법의 기초 이론과 합성된 oligonucleotide의 정제법에 대하여 간단히 서술하고 그 응용 방법에 대하여 논하고자 한다.