자연계에 존재하는 미생물들 중에서 분리 동정하여 배양이 가능한 종류는 전체의 극히 일부분에 불과하다. 이미 알려진 많은 경우들에서 미생물의 산업적 응용이 인간에게 가져다 준 혜택을 생각한다면, 미생물의 산업적 응용은 앞으로 발전할 가능성이 거의 무한하다 할 것이다. 산업적 이용을 전제로 하여 자연계에서 미생물을 분리하고 이를 응용하는 분야는 자연 생태계 전반에 대한 이해가 선행되어야 하며, 따라서 미생물 생태학이 이 분야에서 차지하는 역할은 매우 중요하다. 이글에서는 미생물 생태학의 입장에서 원하는 균주를 자연에서 분리하는 과정을 각 부분별로 구체적으로 살펴보고자 한다.