일반적으로 산업폐수및 생활하수의 생물학적 처리에 관계하는 미생물의 종류는 약1,000-2,000종에 이르는 것으로 추정된다. 이와 같은 미생물의 범위는 매우 넓어서 세균, 균류는 물론이고, 조류, 원생동물, 후생동물까지 포함한다. 19세기 이전에 미생물을 이용한 폐하수 처리는 생활하수와 같이 쉽게 분해하는 물질로만 구성되어 있기 때문에 간단한 처리 공정으로도 충분히 운영되었으나, 산업혁명 이후 새로운 화학물질이 합성되어 폐하수로 배출되므로 처리효율을 달성하는데 더욱 어렵게 되므로 미생물을 전공한 전문인력의 역할이 가일층 높아지게 되었다. 특히 1970년대 이후에는 생물공학 기법을 이용하여 독성 유해물질을 무해화(Detoxification) 하고, 광물화(Mineralization)할 수 있는 미생물 균류를 연구 개발하여 폐수나 폐기물을 처리하는데 활용코자하는 노력이 활발히 진행되고 있으며 일부는 큰 결실을 맺은 것도 있지만 아직도 연구가 진행 중인 분야가 더 많은 편이다. 그러므로 본 고에서는 지금까지 연구 보고된 결과와 앞으로 미생물을 전공한 우리들이 나아갈 방향을 제시코자 한다.