컴퓨터도서 출판은 많은 문제점을 안고 있다. 저작권계약이 없는 외국 소프트웨어의 무단전재, 중복출판, 부적절한 번역출판에 따른 오류, 관련도서들의 발췌를 통한 짜집기 출판이 그런 예이다. 아래아 한글을 다룬 책이 43종이나 중복출판되고 있는 등 형식과 내용에 있어서 별 차이가 없는 출판양태 때문에 좋은 컴퓨터도서를 고르기란 쉽지 않은 일이다.