비점원오염은 여러가지가 있는데 그 중에서 농약에 의한 오염은 통제나 관리가 어려워서 효과적인 관리방법으로 IPM개념의 도입이 가장 적합하다고 판단되며, 미국에서 실제 적용 해본 결과 우리나라에서도 지형적 특성이나 농업형태에 따라 적용할 수 있는 가능성이 있으며 이 부분에 관한 연구가 필요하다. 농약이란 제거 또는 억제하고자 하는 생명체에 위해를 가하는 화학약품이기 때문에 다른 생명체에도 정도의 차이는 있으나 위해를 끼칠 수 있다. 이러한 농약성분들은 일정한 기간 약효를 나타내는 것이 특징인데,제품에 따라서는 자연분해가 느려서 생태계에 오랫동안 잔류하는데, 이 경우에 잔류농약이 사용목적외에 다른 생태계로 이동하여 피해를 입히고 인체의 건강에도 악영향을 미치게 된다. 이처럼 생태계뿐만 아니라 인체의 건강에 직접적으로 피해를 줄 수 있는 농약은 사용에 신중을 기하고, 되도록 사용량을 감소시켜야 하며, 환경친화형인 농약제품의 개발과 안전하고 손실이 적으며 효과적인 농약투입방법의 사용이 요구된다.