C형 간염바이러스 (HCV)는 각 개체간에 뉴클레오티드 서열상의 다양성을 나타내고, 이러한 유전적 다양성이 임상병리적 증상과 밀접한 연관이 있을 것으로 고려되어 왔다. 본 연구에서는 HCV E1과 NS5B 부위의 염기서열 분석을 통해 한국의 C형 간염바이러스의 분포와 다양성에 관해 분석하고, 발생계통도를 그려 HCV간의 진화적 거리를 확인하였다. 염기서열분석은 서울대학교 병원과 충남대학교 병원으로부터 얻은 56개의 HCV-양성 혈청을 대상으로 RT-PCR과 PCR 과정을 통해 얻은 유전자 산물을 클로닝하여 수행되었다. 56개의 혈청중 53개의 샘플에서 HCV RNA가 검출되었다. 이들 53개 샘플에 대한 분석 곁과, 유전형 1a, 1b, 2a, 2b, 7a가 각각 5.7, 45.3, 45.3, 1.9, 1.9%로 분포하고 있고, 1b형과 2a형이 한국에서의 주요한 HCV 유전형으로 밝혀졌다. 본 연구는 염기서열 분석을 통해 한국에서 1b형과 마찬가지로 2a형도 높은 빈도로 분포하고 있고, 비록 분포 빈도는 낮지만 1a 형과 7a 형도 존재하고 있음을 밝힌 최초의 보고이다.