포유자돈에서 콕시디윰을 예방하기 위해서는 3일령 포유자돈에게 항 콕시디윰 제재를 구강으로 투약하면 된다. 특히 주의해야 할 사항은 가끔 포유자돈에서 모유를 먹지 않은 공복의 포유자돈에게 항 콕시디움 치료제재를 구강으로 투약하면 구토를 일으킬 수 있다. 또한 항 콕시디윰 제제도 일반 항생제와 같이 오랜 기간 지속적으로 사용하면 내성이 유발되기 때문에 동일한 약을 3개월 이상 사용하지 않도록 한다.