현대 복지국가에서는 의료와 교육 분야에 대해 지대한 관심을 가지고 있다. 이런 측면에서 유럽 및 미국 등에서는 특히 의료분야에 대해 정부가 직접 운영하는 비율이 높고 또한 각종 조세특례를 통해 민간을 지원하고 있다. 이 점에서 이 논문에서는 우리나라가 의료기관에 대한 조세체계와 조세특례를 어떻게 개선해야 할 것인가에 대해 연구하였다. 이 연구결과 의료기관에 대한 조세체계 및 조세특례제도에 대한 개선방안으로 여러 가지를 제시하고 있으나, 주요골간은 첫째, 우리나라의 경우 의료법인을 의료법에서는 비영리법인으로 보고 있으나 세법에서는 기본적으로 영리사업으로 보아 과세하는 것을 원칙으로 하고 조세특례규정은 아주 제한적으로 인정하고 있어, 의료서비스의 질적 향상에 도움을 주고 있지 못하므로 이를 개선하고, 둘째, 교육과 의료는 중요한 공공재로서 정부가 대등한 입장에서 정책을 수립하여야 함에도 차등 과세되고 있는 점을 개선할 필요가 있으며, 셋째, 같은 의료서비스에 대해서 운영주체에 따라 각종 조세특례를 다르게 규정해서는 안된다는 점을 지적하였다.