FTA 협상은 두 나라(또는 지역) 사이에 이루어지는 것으로 협상 여부와 상대국을 우리가 선택할 수 있다. FTA는 기본적으로 관세 및 비관세 철폐 수준의 급격한 시장개방을 목표로 하고 있으나, 시장개방으로 인한 산업피해는 양국간에 서로 경쟁이 심한 일부 산업에 집중되는 특징이 있다. 예를 들면 한$cdot$칠레 FTA 의 경우 우리나라 과수산업에 집중적인 피해가 예상되나 다른 부문에는 큰 영향을 미치지 않는다. 따라서 상대국이 어디이냐에 따라서 영향을 받는 부문이 극명하게 드러난다.