다제내성 결핵은 치료 성공률이 낮은데 그 원인으로 사용할 수 있는 효과적인 항결핵 약제의 숫자가 제한되어 있고, 약제 부작용이 많고, 장기간의 치료기간으로 인해 환자의 순응도(compliance)가 낮기 때문이다. 치료에 실패한 다제내성 결핵환자는 본인의 고통뿐만 아니라 지속적으로 결핵균을 배출하는 만성배균자가 되어 수 많은 사람들에게 다제내성 결핵균을 퍼뜨리는 전염원이 된다.