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ANALYSIS OF NEIGHBOR-JOINING BASED ON BOX MODEL
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저자명
Cho. Jin-Hwan,Joe. Do-Sang,Kim. Young-Rock
간행물명
Journal of applied mathematics & computing
권/호정보
2007년|25권 1호|pp.455-470 (16 pages)
발행정보
한국전산응용수학회
파일정보
정기간행물|ENG|
PDF텍스트
주제분야
기타
이 논문은 한국과학기술정보연구원과 논문 연계를 통해 무료로 제공되는 원문입니다.
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기타언어초록

In phylogenetic tree construction the neighbor-joining algorithm is the most well known method which constructs a trivalent tree from a pairwise distance data measured by DNA sequences. The core part of the algorithm is its cherry picking criterion based on the tree structure of each quartet. We give a generalized version of the criterion based on the exact box model of quartets, known as the tight span of a metric. We also show by experiment why neighbor-joining and the quartet consistency count method give similar performance.