공주대학교는 2005년 3월 천안공업대학과의 통합을 완료함으로써 정부의 구조개혁을 통한 대학 특성화 및 경쟁력 강화 정책을 시행에 옮긴 최초의 대학이 되었다. 통합 이후 지역 인재 양성과 지역 발전을 선도하는 충남 지역 중심대학으로서의 역할을 담당하게 되었다. 또한 통합을 통해 정원 감축, 교육 여건 개선, 중복 투자 감축 효과 등 대학경영의 효율성 제고를 통한 대학경쟁력 향상의 결과를 기대할 수 있게 되었다. 향후 통합이 안정화되어 시너지 효과를 발휘하기 위해서는 천안캠퍼스 공간문제 해결, 교육 및 연구 인적 인프라 정착을 위한 구성원 간의 조화, 행.재정 조율, 우수 신입생 유치, 공주캠퍼스 공과대학의 이전 완결, 계획된 발전계획의 가시화 등의 문제점이 있는데 공주대학교는 이를 극복함으로써 통합의 진정한 완성을 통한 대학 발전의 극대화를 위해 전력을 기울이고 있다.