충주대학교-청주과학대학 간의 통합에 의한 구조개혁은, 대학경쟁력 강화, 교육 여건 개선에 의한 교육의 질 제고, 안정적인 자원 확보와 고등교육의 형평성 제고, 지역산업과의 클러스터 구축에 의한 지역혁신이는 목적으로 추진되었으며, 이에 따른 성과를 거두었다. 그러나 현재 학과 통합과 캠퍼스 간 학과 이전에 따른 공간조정 문제, 형식적인 학부제의 운영, 대학 내의인사, 직원의 인력 조정 및 배치 등이 많은 부분 해소되지 않고 잠재적인 갈등의 상태로 남아 있다.