시스템보안연구센터는 침입감내, 대응 및 방지에 필요한 시스템보안분야의 원천기술을 개발하고 정보보호업체와 함께 해당 기술을 상용화하는 것을 목표로 연구개발을 진행해 왔다. 산학일체형 연구교육모델을 정립하고 실천하여 우수한 정보보호인력을 양성함으로써 정보보호분야 IT고급인력양성이라는 교육적 목표와 함께 시스템보안분야 원천기술 확보 및 제품개발에 기여하는 산업적 효과를 얻고자 노력해 왔다. 참여교수와 대학원생, 정보보호 산업체 인력들의 8년 간 연구개발노력으로 시스템분야 보안제품 상용화와 기술이전, 연구논문발표와 특허 등록, 우수인력 배출 등 여러 지표에서 당초 목표 이상의 실적을 달성하였으며, 향후 지금까지 구축된 시스템보안분야 기술개발능력과 산학협력 네트워크를 기반으로 우리나라가 지식정보보안산업 강국으로 자리잡는데 지속적으로 기여할 것으로 기대된다.