2010~2012년까지 남해안 연안에서 서식하는 총 9목 30과 50종 243마리의 자연산 해산어류를 대상으로 아니사키스과 선충 유충의 감염현황을 조사하였다. 아니사키스과 선충 유충의 감염률은 10.7% (26/243마리) 로 나타났으며, 2010년 여수 시료에서 7.4% (7/95마리), 2011년 여수와 제주 시료에서 각각 22.7% (5/22마리) 와 8.2% (5/61마리), 2012년 완도 시료에서 40.9% (9/22마리) 로 나타났다. 2011년 통영 및 완도 시료에서는 아니사키스과 선충 유충이 발견되지 않았다. 총 10종의 어류 (성대, 쏨뱅이, 넙치, 볼락, 삼치, 흰꼬리볼락, 점농어, 황놀래기, 독가시치 및 노래미) 26마리에서 분리된 89마리의 아니사키스과 선충 유충을 ITS gene을 타겟으로 한 PCR-RFLP 및 염기서열 분석을 통해 동정한 결과, 6종의 아니사키스충이 동정되었고 성대, 쏨뱅이, 넙치 및 볼락에서 상대적으로 높은 감염율을 보였다: Anisakis pegreffii (53.9%, 48/89 아니사키스 유충), Hysterothylacium aduncum (38.2%, 34/89), H. fabri (3.4%, 3/89), hybird (A. simplex X A. pegreffii) (2.4%, 2/89), A. simplex (1.1%, 1/89), Raphidascaris lophii (1.1%, 1/89). 유충의 감염은 혼합감염 (19.2%, 5/26마리) 보다는 단독감염 (80.8%, 21/26마리) 이 높게 나타났다.