정부는 축산업 허가제 시행에 맞추어 허가대상 농가의 부담을 최소화하기 위해 축사시설현대화사업 예산을 대폭 확대하여 허가기준에 맞는 시설을 갖추도록 할 계획이다. 한편 무허가 축사의 경우는 건축법과 축산법은 별도의 법률이므로 기존 무허가 축사는 축산업 허가를 받을 수 있도록 할 계획이나, 신규 진입농가 및 사육면적을 확대하는 농가에 대해서는 적법한 축사에 한하여 허가토록 할 계획이다.