고추는 한국, 중국, 멕시코를 포함한 온대 및 아열대 지역을 중심으로 전세계적으로 전형적인 향신료로 식용되고 있으며 그 생산량 및 사용량은 해마다 증가하는 추세에 있다. 고추역병균인 Phytophthora capsici는 고추의 생산에 있어, 질적, 양적으로 많은 피해를 야기하는 식물병원균으로 알려져 있다. 난균강에 속하는 이 병원균은 기주식물의 뿌리, 줄기, 잎과 함께 과실에 이르기까지 식물체 전체를 가해한다. 고추역병의 발병을 분자수중에서 이해하기 위해서는, 발병과정에서 발현되는 유전자에 대한 연구분석이 필수적이며, 이를 위해 최근 개발되어 응용되고 있는 발현서열표지(expressed sequence tags, ESTs)의 분석을 시도하였다. 고추역병균을 접종한후 3일째 발병초기의 고추잎으로부터 추출한 total RNA를 이용하여 고추-고추역병균 발병초기 cDNA library를 구축하였다. 이 cDNA library에서 무작위로 선발된 5,760 clone에 대하여 말단 염기서열 분석을 수행하여 5,148개의 양질의 염기서열을 확보하고 contig assembly에 적용한 결과, 2,990개의 unigenes을 확보하였다. 이들 2,990개의 unigenes에 대한 BLASTX를 이용한 상동성 분석결과, 2,409개가 기존에 알려진 서열과 matching을 보였으며, 이중 606개가 기능적으로 구분되었다.
Pepper, consumed as a typical spice food around world, is mainly cultivated in warm countries, including Korea, China, and Mexico. Phytophthora capsici is a pathogen on several economically important crops, including pepper. The oomycete attacks the roots, stems, leaves, and fruit of the host plants. To understand the molecular mechanisms underlying development of the disease, the genes expressed during pepper-P. capsici interaction were explored by analyzing expressed sequence tags (ESTs). A cDNA library was constructed from total RNA extracted from pepper leaves challenged with P. capsici for three days, resulting in an early stage of symptom development for comparable interaction. A comprehensive analysis of single-pass sequencing of 5,760 randomly selected cDNA clones extracted 5,148 high-quality entries for contig assembly, which generated 2,990 unigenes. A homology search of the unigenes with BLASTX resulted in 2,409 matches, of which 606 showed classified functional catalogs.
