배출권 거래제의 가장 큰 장점은 주어진 감축목표를 최소의 비용으로 달성할 수 있다는 것이다. 따라서 감축목표가 명확하지 않을 경우 배출권 거래제는 정상적인 기능을 발휘하기 어렵다. 온실가스 감축목표의 경우 기후변화문제의 장기적 특성으로 인해 단기적 목표보다는 중장기적 목표의 설정이 중요하다. 결국 국가 차원의 중장기 온실가스 감축목표의 설정이 배출권 거래제의 선행 요건이 된다. 현재 우리나라는 2020년에 대한 국가 목표만 있는 상황인데, 배출권 시장의 원활한 운영을 위해서는 2030년은 물론 2050년에 대한 국가 온실가스 감축목표의 설정이 필요하다. 배출권 시장은 단기적인 목표 뿐만 아니라 중장기적인 목표가 감축여건과 동시에 가격 형성에 영향을 줌으로써 비용효과적 자원배분을 촉진할 수 있다.