본 연구는 경기교육종단연구(Gyeonggi Education Panel Study: GEPS) 2012의 4~5차년도 자료를 활용하여, 혁신학교의 차별적인 학교조직문화가 실재하는지 인권, 차별, 학생중심 수업문화 측면에서 살펴본 후, 혁신학교 재학여부 및 위 학교조직문화 변수들이 학생들의 삶의 질(학교생활만족도/교육과정만족도/교우관계/학교생활 안정성)에 어떠한 영향을 미치는지 알기 위해 중학교 학교급을 중심으로 다층성장모형(Multilevel growth model)을 적용하여 분석하였다. 분석 결과는 다음과 같다. 첫째, 학교조직문화 차이를 살펴본 결과 4~5차년도 모두 혁신학교가 일반학교보다 인권, 차별, 학생중심 수업문화 측면의 학교조직문화 수준이 더 높은 것으로 나타났다. 둘째, 혁신학교의 효과는 학생의 삶의 질 중 학생생활만족도와 교육과정만족도에만 영향을 미치는 것으로 나타났다. 특히, 이 효과는 혁신학교의 직접효과보다는 혁신학교의 특징적인 문화인 학생중심 학교조직문화를 매개로 영향을 미치고 있었다. 셋째, 혁신학교에 재학하는 1년 동안 학생들의 학생생활만족도와 교육과정만족도는 더 높아지고 있었다. 넷째, 학생들은 학생의 삶의 질 중 교우관계, 학교생활 안정성에는 혁신학교의 효과가 나타나지 않았지만 학생중심 학교조직문화의 부분적인 영향력이 나타났다. 학생중심 조직문화를 중심으로 학생의 삶의 질에 대한 영향을 살펴보면, 학생 인권을 중시하는 문화는 교육과정만족도에 정적인 영향을 주었고, 학생 간 차별을 하지 않는 문화는 교우관계와 학교생활안정성에 긍정적인 효과를 주었으며, 학생중심 수업문화는 학교생활만족도, 교육과정만족도, 교우관계를 향상시키는 것으로 나타났다. 마지막으로 이러한 연구 결과가 의미하는 시사점에 대하여 간략히 논의하였다.