이 연구는 혁신학교의 교육과정이 어떠한 과정을 통해 편성·운영되며, 그 과정에서 학교 구성원들이 경험한 고민과 갈등은 무엇인지 분석함으로써, 혁신학교 지원에 대한 시사점을 모색해 보는 데 목적이 있다. 이를 위해 초, 중, 고 9개 혁신학교에 대한 사례연구를 실시하면서 교원, 학생, 학부모, 총93명을 대상으로 면담조사를 실시하였다. 연구 결과는 (1) 혁신학교 교육과정 편성·운영의 방향, (2) 혁신학교 교육과정의 편성·운영 절차 및 방법, (3) 혁신학교 교육과정 편성·운영의 기반, 세 가지 주제로 분석하였다. 첫째, 혁신학교 교사들은 혁신학교가 추구하는 철학이나 가치를 중요하게 고려하며 이를 학교 교육과정에 ‘명시적이면서 의도적으로’ 또는 ‘암묵적으로’ 반영하고 있었는데, 이러한 혁신학교 철학과 관련하여 생각의 차이나 내면화 정도에 따라 교사 간 혹은 교사와 학부모 간에 갈등과 긴장이 존재하기도 하였다. 둘째, 혁신학교 교육과정은 ‘전체’ 교사들이 함께 토론하고 협의하며 학교 교육과정을 편성·운영하고 있었다는 점에서 주목되었으며, 교육과정의 설계와 운영, 심지어 교육과정에대한 평가가 서로 단절된 과정이기보다는 서로 역동적이고 긴밀하게 연계되어 있는 특징을 보였다.
그러나 이 과정에서 교사들은 학교 구성원들 간에 교육 철학 및 가치관의 충돌로 인한 문제, 의견을수렴하고 합의해나가는 과정에서 의사소통의 어려움, 교사의 교육과정 전문성 차이로 인한 문제, 학생및 학부모의 의견 수용 범위에 대한 고민들을 경험하고 있었다. 셋째, 혁신학교에서 이러한 방식의 교육과정 편성·운영이 가능하도록 한 기반으로서, 학교 내 민주적 의사 결정 체제 및 문화, 활발한 교사학습공동체의 운영, 교육활동 중심으로 업무 체제 개선 노력이 있는 것으로 나타났다. 이러한 연구 결과를 토대로, 혁신학교 교육과정의 편성·운영을 지원하기 위한 방안들을 제언하였다.