본 연구에서는 대학구조개혁평가와 대학기본역량진단의 평가내용, 평가운영과 관련된 사항과, 정부의 대학평가 체제 정립에 있어 주요 문제로 제기되는 대학기관평가인증과 대학기본역량진단의 관계 설정 등에 대한 대학 특성별 인식을 비교·분석하였다. 분석 결과를 중심으로 한 주요 논의와 결론은 다음과 같다. 첫째, 평가내용의 타당성과 적절성을 확인하기 위한 평가(진단) 지표 유지 여부에 있어서는 수도권대학과 대규모대학은 학생 충원율(신입생 충원율, 재학생 충원율), 졸업생의 취업률 등의 성과 측면에, 비수도권대학과 중규모대학은 교양교육과정, 전공교육과정, 학생 학습역량지원, 진로 및 심리상담 등 과정 측면에 상대적으로 높은 인식을 보이고 있다. 학생 충원율이나 졸업생 취업률의 경우에는 오롯이 대학만의 노력으로 개선하기가 쉽지 않으며, 3차례에 걸친 평가가 진행되는 동안 대학의 조직운영, 학과구조, 교육과정, 교수임용, 학사관리 등은 상당정도 평가에 맞추어져 있기 때문에 현재의 코로나 팬데믹 상황에 적절히 대응하면서 고등교육 혁신을 위한 지표 설정을 검토할 필요가 있다. 둘째, 평가 운영과 관련된 인식에 있어 진단지표의 타당성 제고에 대한 인식이 상대적으로 높았음에도 국·공립대학, 비수도권대학, 중규모대학은 평가의 지속 여부에 대한 인식이 상대적으로 높았다. 이는 진단 결과가 대학혁신지원사업과 연계되면서 일부 대학에서 학령인구 감소와 대학등록금 동결이라는 재정적 어려움을 해결하는 데 일정 정도 기여했기 때문으로 이해된다. 그러나 진단 결과가 재정지원을 위한 선별 기능과 수요자의 대학 선택 정보로서의 기능 이외에 대학이 진단 결과를 스스로 확인하고 향후 대학 운영에 반영할 수 있는 방안이 마련되어야 할 것이다. 셋째, 대학기관평가인증과 대학기본역량진단의 관계 설정에 있어 정량지표 산출식 연계와 함께 대학의 평가 부담 완화를 위해 정량지표, 정성지표의 지표 특성을 반영한 역할 분담, 재정지원 대상 선정을 위한 선정평가와 운영 현황에 대한 성과평가로의 역할 분담 등 다양한 방안을 적극적으로 고려할 필요가 있다.