분자생물학에서 컴퓨터는 많은 수의 분자배열을 짧은 시간 내에 비교 정렬하는데 이용되어 왔다. 이를 위해, 다른 접근방법들과 몇 가지 점에서 차이를 보이는 새로운 알고리즘이 제안되었다. MAlign이라 명명된 이 알고리즘은 비교 배열들간의 동시 비교를 효과적으로 수행할 수 있는 방법을 도입, 전체적 상동성을 검색할 수 있게 고안되었다. 동시 비교성의 결여는 기존의 알고리즘들이 갖는 문제점 중의 하나이었는데 이것을 consensus 또는 compacted sequence를 비교 과정에 도입함으로써 해결하였으며, 상동성 벡터 (homology vector) 개념을 적용하여 각 중간 배열들의 상동성 값을 벡터전사의 과정으로 비교함으로써 전체적인 비교를 용이하게 하였다. 몇몇 실험결과로부터, 다중배열 비교에 있어서는 일대일 대응 배열에서 나타난 높은 상동성값이 유지되는 것과 상동성이 높아질수록 이러한 결과가 더욱 두드러짐을 알 수 있었다. 이러한 정근방법을 이용하여 Copper 결합 단백질들과 세균의 신호 발생 단백질들에 대한 다중정렬 결과가 제시되었다.
One application of computer in molecular biology has been the use of its power for comparing a large number of molecular sequences in very short time. For this purpose, a new algorithm is proposed which differs in several aspects from other approaches. Our algorithm, called MAlign, is designed to seek global homology by introducing an effective way to make simultaneous comparisons among test sequences. One problem in previous algorithms which were limited in its ability to compare sequences simultaneously has been solved by introducing intermediate consensus or compacted sequences and including them for comparison. In addition, a homology vector concept was applied to provide uniform representation for each intermediate, which makes global comparison easier. Several test results indicate that high homology values obtained from pairwise alignment are maintained after multiple alignment of those sequences, which is more apparent in higher homology values. Sample alignment results using this approach for three different copper binding proteins as well as bacterial signaling proteins are presented.
