출연(연)의 개인평가 제도는 국가와 사회에 기여하는 공공연구라는 출연(연)이 추구하는 본연의 기능과 역할을 상실하지 않도록 평가체계를 점검하고 발전시키는 것이 필요하다. 따라서 본 연구에서는 개별 출연(연)의 성과지표의 분석을 통해 전체 출연(연)이 추구해야 할 질적 지표 중심의 개인평가제도에 대해 연구하였다. 현재 출연(연)에서 시행되고 있는 성과평가체계를 바탕으로 출연(연)의 개인평가가 질적 성과 중심의 개인평가로 변화되기 위한 개선 방향을 제시하고자 하였다. 정부와 국가과학기술연구회는 출연(연)의 개인평가 제도를 전체 국가연구개발사업의 성과평가체계라는 거시적인 관점에서 개별 출연(연)의 연구특성에 맞는 질적 중심의 개인평가로 개선하기 위한 노력을 지속해 왔다. 출연(연)은 주인-대리인 이론의 관점에서 정부의 국가연구개발사업을 위임받아 수행하는 출연(연) 고유의 특성이 있으며, 연구라는 정량적 평가가 어려운 과제를 수행하고 있다. 이에 따라 출연(연)의 ‘성과를 어떻게 측정할 것인가’의 문제는 단순히 양적 지표화하기 어려운 구조적인 한계를 가지고 있다. 특히 양적 지표 중심의 평가체계는 현재 우리의 과학기술 수준과 창의적이고 혁신적인 연구를 지향하는 추세와 맞지 않는 문제점이 있다. 특히 출연(연)의 조직평가와 더불어 이와 연계된 연구원 개개인의 성과를 어떻게 측정할 것인지의 문제는 전체 국가연구개발사업의 성과평가체계의 하부구조를 이루는 기초 요소라 할 수 있다. 출연(연)의 개인평가는 출연(연)별 미션과 역할을 고려함과 동시에 이와 연계된 국가연구개발사업 수행이라는 전체적인 관점이 고려되어야 한다. 개별 출연(연)의 성과지표의 분석을 통해서 전체 출연(연)이 추구해야 할 질적 중심의 개인평가 개선방안을 도출하는 것은 출연(연) 평가체계의 구체적인 발전방안의 모색이라는 측면에서 중요한 의미를 가진다.